rna序列DTU

鲑鱼量化后差异转录使用的RNA-seq工作流程

生物导体版本：释放（3.19）

鲑鱼量化后差异转录使用（DTU）的RNA-seq工作流程。此工作流使用Bioconductor包tximport、DRIMSeq和DEXSeq对模拟数据执行DTU分析。它还展示了如何使用stageR对DTU进行两阶段测试，这是一个在基因水平上进行筛选，然后确认重要基因中哪些转录物显示出DTU证据的统计框架。

作者：迈克尔·洛夫【aut，cre】，夏洛特·索内森【aut】，罗伯·帕特罗【aut）

维护人员：迈克尔·洛夫（Michael Love）<michaelisaiahlove at gmail.com>

引文（从R中输入引文（“rnaseqDTU”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“rnaseqDTU”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览渐晕图（“rnaseqDTU”）

鲑鱼量化后差异转录使用的RNA-seq工作流程

HTML格式

R脚本

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细节

生物视图	GeneExpressionWorkflow（通用表达式工作流）,免疫肿瘤学工作流,工作流
版本	1.24.0
许可证	艺术-2.0
取决于	R（>=3.5.0），DRIMSeq公司,DEX当量,阶段E,设计2,边缘R,拉瓦利布,开发工具
进口
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/thelovelab/rnaseqDTU/

建议	针织物,rmarkdown公司
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	rna序列DTU_1.24.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制（x86_64）
macOS二进制（arm64）
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rnaseqDTU网址
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：packages/rnaseqDTU
包短Url	https://bioconductor.org/packages/rnaseqDTU/
软件包下载报告	下载统计信息