注释
基因组注释资源
生物导体版本:释放(3.19)
注释资源在生物导体项目中占很大比例。此外,还可以使用特定的软件包访问多种在线资源。本演练将描述这些资源中最流行的资源,并给出一些如何使用它们的高级示例。
作者:Marc RJ Carlson[aut]、Herve Pages[aut'、Sonali Arora[aut]、Valerie Obenchain[aut]、Martin Morgan[au]、Bioconductor Package Maintainer[cre]
维护人员:生物导体包维护者<Bioconductor.org上的维护者>
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
if(!require(“生物管理器”,悄悄=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“注释”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览渐晕图(“注释”)
细节
生物视图 |
批注工作流,工作流 |
版本 |
1.28.0 |
许可证 |
艺术-2.0 |
取决于 |
R(>=3.3.0),变量注释,批注中心,有机体.dplyr,发送数据库。哈皮恩斯。UCSC.hg19.known基因,TxDb(发送日期)。哈皮恩斯。UCSC.hg38.known基因,TxDb(发送日期)。姆穆苏卢斯。UCSC.mm10.ensGene公司,组织Hs.eg.db,组织管理例会.db,猿人,英国基因组。哈皮恩斯。加州大学圣保罗分校hg19,生物反应器,牛基因组,TxDb(发送日期)。阿塔利亚纳。BioMart.工厂智能22 |
进口 |
|
系统要求 |
|
统一资源定位地址 |
http://bioconductor.org/packages/annotation |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。