系统管道数据

systemPipeRdata:工作流模板和示例数据

生物导体版本：释放（3.19）

systemPipeRdata是一个帮助程序包，使用单个命令生成NGS工作流模板，该模板将由其父包systemPipeR使用。后者是一个用于构建端到端分析管道的环境，可自动生成报告，用于下一代序列（NGS）应用程序，如RNA-Seq、RIBO-Seq、ChIP-Seq和VAR-Seq等。使用systemPipeRdata的详细示例在systemPipeR的概述小插曲中给出。

作者：托马斯·吉尔克

维护人员：托马斯·吉尔克（Thomas Girke）

引文（从R中输入引文（“systemPipeRdata”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“systemPipeRdata”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览渐晕图（“systemPipeRdata”）

systemPipeRdata:工作流模板和示例数据	HTML格式	R脚本
WF：基本单细胞模板	HTML格式	R脚本
WF:BLAST模板	HTML格式	R脚本
WF：化学信息学药物相似性模板	HTML格式	R脚本
WF:ChIP-Seq工作流模板	HTML格式	R脚本
WF:RIBO-Seq工作流模板	HTML格式	R脚本
WF:RNA-Seq工作流模板	HTML格式	R脚本
WF:VAR序列模板	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	对齐,ChIPSeq公司,新闻报道,数据导入,实验数据,基因表达式,GeneSet扩展,遗传学,免疫肿瘤学,基础设施,甲基Seq,质量控制,RNA序列,RiboSeq系列,SNP公司,排序,工作流步骤
版本	2.8.0
许可证	艺术-2.0
取决于
进口	方法，生物串,生物遗传学,jsonlite公司,遥控器
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/tgirke/system管道数据 https://systempipe.org/

建议	基因组特征,基因组范围,I范围,Rsamtools软件,短读,rtracklayer公司,RUnit（运行单位）,仿生风格,针织物,rmarkdown公司,系统管道R
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我	系统管道R,系统PipeShiny
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	系统管道数据2.8.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制（x86_64）
macOS二进制（arm64）
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/system管道数据
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/systemPipeRdata
包短Url	https://bioconductor.org/packages/systemPipeRdata/
软件包下载报告	下载统计信息