x芯
xcore表达调控因子推断
生物导体版本：释放（3.19）
xcore是一个基于已知分子特征和用户基因表达数据的转录因子活性建模的R包。随附的xcoredata包提供了一组分子签名，这些签名是根据公开的ChiP-seq实验构建的。xcore使用岭回归将表达变化建模为分子特征的线性组合，并发现其未知活性。获得后，可以进一步测试估计值的显著性，以选择对观察到的表达变化具有最高预测效果的分子签名。
作者：马西耶·米格达[aut，cre]
，BogumiłKaczkowski[aut]
维护人员：Maciej Migdał<mcjmigdal at gmail.com>
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“xcore”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览幻影（“xcore”）
细节
| 生物视图 |
表观遗传学,基因表达式,基因调控,回归,排序,软件 |
| 版本 |
1.8.0 |
| 在生物导体中 |
生物柴油3.15（R-4.2）（2.5年） |
| 许可证 |
GPL-2型 |
| 取决于 |
R（>=4.2） |
| 进口 |
DelayedArray（延迟阵列）(>= 0.18.0),边缘R(>= 3.34.1),foreach公司(>= 1.5.1),基因组范围(>= 1.44.0),格尔姆奈特(>= 4.1.2),I范围(>= 2.26.0),迭代器(>= 1.0.13),马格里特(>= 2.0.1),矩阵（>=1.3.4），方法（>=4.1.1），多重分析实验（>=1.18.0），统计，S4载体（>=0.30.0），实用程序 |
| 系统要求 |
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| 统一资源定位地址 |
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查看更多
| 建议 |
批注中心(>= 3.0.2),生物遗传学(>= 0.38.0),生物并行(>= 1.28),仿生风格(>= 2.20.2),数据表(>= 1.14.0),开发工具(>= 2.4.2),do并行(>= 1.0.16),实验中心(>= 2.2.0),针织物(>= 1.37),情势图(>= 1.0.12),代理(>= 0.4.26),脊(>= 3.0),rmarkdown公司(>= 2.11),rtracklayer公司(>= 1.52.0),测试那个(>= 3.0.0),用这个(>= 2.0.1),xcoredata数据 |
| 链接到 |
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| 增强功能 |
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| 取决于我 |
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| 导入我 |
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| 建议我 |
xcoredata数据 |
| 指向我的链接 |
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| 生成报告 |
生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
