正弦细胞
用于从单细胞RNA-seq数据统计评估细胞状态层次的R包
生物导体版本：释放（3.19）
细胞分化过程是通过可能被单细胞RNA序列捕获的一系列层次性中间细胞状态来实现的。根据单个单元格数据评估单元格状态层次结构的现有计算方法可以在一个通用工作流下进行形式化，该工作流由以下部分组成：i）用于评估单元格间相似性的度量（结合或不结合维度缩减步骤），以及ii）图形构建算法（可选地使用单元格聚类步骤）。Sincell R包实现了一个方法学工具箱，允许在这种框架下进行灵活的工作流程。此外，Sincell贡献了新的算法，为细胞状态层次结构提供统计支持，同时考虑单细胞RNA序列中的随机因素。提供图形表示和功能关联测试来解释层次结构。
作者：米格尔·朱莉娅（Miguel Julia）、阿马利奥·特伦蒂（Amalio Telenti）、安东尼奥·劳塞尔（Antonio Rausell）、安东尼奥·劳塞尔（Antonio.Rausell）、institutimagine.org>
维护人员：米盖尔·朱莉娅（Miguel Julia）<migueljuliamolina at gmail.com>，安东尼奥·劳塞尔（Antonio Rausell）<Antonio.Rausell at institutimagine.org>
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“sincell”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览Vignette（“sinsell”）
细节
| 生物视图 |
生物医学信息学,细胞生物学,群集,功能基因组学,基因表达式,GeneSet扩展,图形和网络,免疫肿瘤学,RNA序列,排序,软件,系统生物学,可视化 |
| 版本 |
1.36.0 |
| 在生物导体中 |
生物C 3.1（R-3.2）（9.5年） |
| 许可证 |
GPL（>=2） |
| 取决于 |
R（>=3.0.2），记录仪 |
| 进口 |
卢比(>= 0.11.2),熵,散点图3d,MASS（质量）,TSP公司,ggplot2,重塑2,领域,代理，平行，Rtsne公司,fastICA（快速ICA）,集群,随机反演 |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
http://bioconductor.org/ |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
