单片眼镜
单细胞RNA-Seq的聚类、差异表达和轨迹分析
生物导体版本：释放（3.18）
Monocle为单细胞表达实验执行差异表达和时间序列分析。它根据生物过程的进展对单个细胞进行排序，而不提前知道哪些基因定义了该过程的进展。Monocle还对单细胞表达数据执行差异表达分析、聚类、可视化和其他有用的任务。它设计用于RNA-Seq和qPCR数据，但也可以用于其他类型。
作者：科尔·特拉内尔
维护人员：科尔·特拉佩尔（Cole Trapnell）
安装
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如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.软件包（“BiocManager”）BiocManager:：install（“单片眼镜”）
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文档
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细节
| 生物视图 |
群集,数据导入,数据表示,微分表达式,基因表达式,免疫肿瘤学,基础设施,多重比较,质量控制,RNA序列,排序,软件,可视化 |
| 版本 |
2.30.1 |
| 在生物导体中 |
生物技术3.0（R-3.1）（9.5年） |
| 许可证 |
艺术-2.0 |
| 取决于 |
R（>=2.10.0），方法，矩阵（>=1.2-6），博科生物，ggplot2（>=1.0.0），VGAM（>=1.00-6），DDRTree（>=0.1.4） |
| 进口 |
平行，图表（>=1.0.1），生物遗传学,HSMM单细胞（>=0.101.5），plyr，cluster，combint，fastICA，grid，irlba（>=2.0.0），matrixStats，Rtsne，MASS，reshape2，leidenbase（>=0.1.9），利马、tibble、dplyr、pheatmap、stringr、proxy、slam、viridis、stats、，生物视图，RANN（>=2.5），Rcpp（>=0.12.0） |
| 系统要求 |
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| 统一资源定位地址 |
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