有意义的人
癌症公共转录信号的收集和实施
生物导体版本:释放(3.19)
signifinder是一个用于计算和探索肿瘤特征简编的R包。它允许根据基因表达值计算各种签名,并返回单样本分数。目前,signifinder包含从文献中收集到的60多个不同的特征,这些特征与多种肿瘤和多种癌症过程有关。
作者:斯蒂芬妮娅·皮罗塔[cre,aut],恩里卡·卡拉[aut]
维护人员:Stefania Pirrotta博士
引文(从R中输入引文(“signifinder”)
):
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“signifinder”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览Vignette(“能指”)
细节
生物视图 |
生物医学信息学,基因表达式,基因信号,基因目标,免疫肿瘤学,微阵列,RNA序列,报告写作,单个单元格,软件,空间,可视化 |
版本 |
1.6.0 |
在生物导体中 |
生物柴油3.16(R-4.2)(2年) |
许可证 |
AGPL-3型 |
取决于 |
R(>=4.3.0) |
进口 |
注释Dbi,生物遗传学,复杂热图,同意OV,奶牛场,DGEobj.utils公司,数字播放器,集成数据库,ggplot2,ggridges公司,GSVA公司,I范围,马格里特,矩阵统计,最大stat、方法、,露天,组织Hs.eg.db,拼凑,R彩色啤酒,TxDb(发送日期)。哈皮恩斯。UCSC.hg19.known基因,TxDb(发送日期)。哈皮恩斯。UCSC.hg38.known基因,麻雀,空间实验,统计,总结性实验,生存,侦察机,病毒属 |
系统要求 |
|
统一资源定位地址 |
https://github.com/CaluraLab/signifinder网站 |
错误报告 |
https://github.com/CaluraLab/signifinder/issues网站 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。