有意义的人

癌症公共转录信号的收集和实施


生物导体版本:释放(3.19)

signifinder是一个用于计算和探索肿瘤特征简编的R包。它允许根据基因表达值计算各种签名,并返回单样本分数。目前,signifinder包含从文献中收集到的60多个不同的特征,这些特征与多种肿瘤和多种癌症过程有关。

作者:斯蒂芬妮娅·皮罗塔[cre,aut],恩里卡·卡拉[aut]

维护人员:Stefania Pirrotta博士

引文(从R中输入引文(“signifinder”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“signifinder”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览Vignette(“能指”)
重要的小插曲 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 生物医学信息学,基因表达式,基因信号,基因目标,免疫肿瘤学,微阵列,RNA序列,报告写作,单个单元格,软件,空间,可视化
版本 1.6.0
在生物导体中 生物柴油3.16(R-4.2)(2年)
许可证 AGPL-3型
取决于 R(>=4.3.0)
进口 注释Dbi,生物遗传学,复杂热图,同意OV,奶牛场,DGEobj.utils公司,数字播放器,集成数据库,ggplot2,ggridges公司,GSVA公司,I范围,马格里特,矩阵统计,最大stat、方法、,露天,组织Hs.eg.db,拼凑,R彩色啤酒,TxDb(发送日期)。哈皮恩斯。UCSC.hg19.known基因,TxDb(发送日期)。哈皮恩斯。UCSC.hg38.known基因,麻雀,空间实验,统计,总结性实验,生存,侦察机,病毒属
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/CaluraLab/signifinder网站
错误报告 https://github.com/CaluraLab/signifinder/issues网站
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建议 仿生风格,边缘R,网格,kableExtra(额外),针织物,利马,测试那个(>= 3.0.0)
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 显著低于1.6.0.tar.gz
Windows二进制 signifinder_1.6.0.zip
macOS二进制(x86_64) 显著低于1.6.0.tgz
macOS二进制(arm64) 显著低于1.6.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/signifinder网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/签名者
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/signifinder网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/signifinder网站/
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