剪刀
Scifer：桑格序列的单细胞免疫球蛋白过滤
生物导体版本：释放（3.19）
你有没有在96或384孔板中索引分类的细胞，然后用桑格测序法测序？如果是这样的话，你可能会遇到一些困难，要么是要检查手动测序的每个细胞的电泳图，要么是当你试图确定在对平板测序后哪个细胞被分类到了哪里。Scifer是为了解决这个问题而开发的，它对Sanger序列进行基本质量控制，并将来自探测到的单细胞分选B细胞的流式细胞术数据与测序数据合并。scifer可以导出摘要表、“fasta”文件、用于视觉检查的电泳图，并生成报告。
作者：Rodrigo Arcoverde Cerveira【aut，cre，cph】罗德里戈·阿尔科维德·塞尔维拉（Rodrigo Arcoverde Cerveira）【aut，cre，cph】
，塞巴斯蒂安·奥尔斯[aut，dtc]，卡琳·洛雷[dtc，ths]
维护人员：罗德里戈·阿科沃德·塞韦拉（Rodrigo Arcoverde Cerveira）<Rodrigo.arcoverdi at gmail.com>
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“scifer”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
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浏览幻影（“scifer”）
细节
| 生物视图 |
流式细胞术,预处理,质量控制,SangerSeq公司,排序,单个单元格,软件 |
| 版本 |
1.6.0 |
| 在生物导体中 |
生物柴油3.16（R-4.2）（2年） |
| 许可证 |
MIT+文件许可证 |
| 取决于 |
|
| 进口 |
数字播放器,rmarkdown公司,数据表,生物串，并行，统计，普利尔,针织物,ggplot2,额外网格,DECIPHER公司,字符串,sangerseqR公司,额外电缆,易怒的,规模,拉朗,flowCore（流动堆芯），方法 |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
网址：https://github.com/rodrigarc/scifer |
| 错误报告 |
https://github.com/rodrigarc/cifer/issues（网址：https://github.com/rodrigarc/cifer/issues） |
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程序包档案
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