scde公司
单细胞差异表达
生物导体版本：释放（3.19）
scde包实现了一组用于分析单细胞RNA-seq数据的统计方法。scde适用于单细胞RNA-seq测量的个别误差模型。然后，这些模型可以用于评估细胞组之间的差异表达，以及其他类型的分析。scde包还包含pagoda框架，该框架应用路径和基因集过度分散分析来根据转录特征识别和表征假定的细胞亚群。差异表达分析的总体方法详见以下出版物：“单细胞差异表达分析贝叶斯方法”（Kharchenko PV，Silberstein L，Scadden DT，Nature Methods，doi:10.1038/nmeth.2967）。亚群识别和表征的总体方法在以下预印本中详述：“通过通路和基因集过度分散分析表征转录异质性”（Fan J、Salathia N、Liu R、Kaeser G、Yung Y、Herman J、Kaper F、Fan JB、Zhang K、Chun J和Kharchenko PV，《自然方法》，doi:10.1038/nmeth.3734）。
作者：彼得·哈尔琴科〔aut，cre〕、让·范〔aut〕、埃文·比德斯特德〔aut〕
维护人员：Evan Biederstedt在gmail.com>
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“scde”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
细节
| 生物视图 |
贝叶斯主义者,差异表达式,免疫肿瘤学,RNA序列,软件,统计方法,转录 |
| 版本 |
2.32.0 |
| 在生物导体中 |
生物多样性3.3（R-3.3）（8.5年） |
| 许可证 |
GPL-2型 |
| 取决于 |
R（>=3.0.0），柔性混音 |
| 进口 |
卢比(>= 0.10.4),RcppArmadillo公司(>= 0.5.400.2.0),管理现金流量,欺骗,罗杰森,MASS（质量）,开罗,R彩色啤酒,边缘R,量子寄存器、方法、，奈特,RMT统计,extRemes公司,pca方法,生物并行，平行 |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
http://pklab.med.harvard.edu/scde |
| 错误报告 |
https://github.com/hms-dbmi/scde/issues |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
