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scTensor公司

基于张量分解的单细胞RNA-seq数据集细胞间相互作用检测


生物导体版本:释放(3.19)

该算法基于nnTensor的非负塔克分解(NTD2)。

作者:Koki Tsuyuzaki[aut,cre],Kozo Nishida[aut]

维护人员:Koki Tsuyuzaki<k.t.the-answer at hotmail.co.jp>

引文(从R中输入引文(“scTensor”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“scTensor”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览渐晕图(“scTensor”)
scTensor公司 HTML格式 R脚本
scTensor:1。数据格式和ID转换 HTML格式 R脚本
scTensor:2。HTML报告的解释 HTML格式 R脚本
scTensor:3。CCI仿真 HTML格式 R脚本
scTensor:4。scTensor结果的再分析 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 尺寸缩减,基因表达式,单个单元格,软件
版本 2.14.0
在生物导体中 生物技术3.9(R-3.6)(5年)
许可证 艺术-2.0
取决于 R(>=4.1.0)
进口 方法,RSQ网站,记录仪,S4载体,巧妙地,反应.db,注释Dbi,总结性实验,单细胞实验,nn张量(>= 1.1.5),cc张量(>= 1.0.2),r张量(>= 1.4.8),阿宾德,倍体,热铺层,标记云,rmarkdown公司,生物风格,针织物,批注中心,MeSHDbi公司(>=1.29.2),grDevices、graphics、stats、utils、,离群值,类别,梅瑟(>= 1.99.1),GOstats公司,反应omePA,剂量,蜡笔,将死,生物技术经理,visNetwork(可视网络),白蜡,ggplot2
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 scTensor_2.14.0.tar.gz
Windows二进制 scTensor_2.14.0.zip文件
macOS二进制(x86_64) scTensor_2.14.0.tgz
macOS二进制(arm64) scTensor_2.14.0.tgz公司
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scTensor网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/scTensor
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/scTensor网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/scTensor网站/
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