regutools公司

regutools：用于从RegulonDB提取数据的R包

生物导体版本：释放（3.19）

近二十年来，RegulonDB收集、协调和集中了数百个实验的数据，被认为是大肠杆菌K12转录调控的参考点。在这里，我们介绍了regutools R包，以促进计算生物学中RegulonDB数据的编程访问。regutools为研究人员提供了向RegulonDB编写可复制工作流并自动查询的可能性。regutools包通过重用由其他Bioconductor包提供支持的数据结构和统计方法，在RegulonDB数据和Biocondator生态系统之间架起了一座桥梁。我们通过分析RegulonDB的转录因子DNA结合位点和转录调控网络，证明了Regulatools与Bioconductor的整合。我们预计，regutools将成为我们进一步了解基因调控网络的有用基石。

作者：乔瑟林·查韦斯，卡米娜·巴贝雷纳·乔纳斯[aut]，Jesus E.Sotelo-Fonseca[作者]，何塞·阿尔基西拉·埃尔南德斯，赫拉迪亚·萨尔加多[ctb]，莱昂纳多·科拉多·托雷斯[aut]，亚历杭德罗·雷耶斯

维护人员：Joselyn Chavez<joselynchavezf at gmail.com>

引文（从R中输入引文（“regutools”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“regutools”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“regutools”）

regutools：用于从RegulonDB提取数据的R包	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	基因表达式,基因调控,网络,网络推理,软件,系统生物学,转录,可视化
版本	1.16.0
在生物导体中	生物柴油3.11（R-4.0）（4.5年）
许可证	艺术-2.0
取决于	R（>=4.0）
进口	注释Dbi,批注中心,生物串,数据库接口,基因组范围,Gviz公司,I范围,随机对照组3,RSQ网站,S4载体，方法，统计，实用程序，生物文件缓存
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/ComunidadBioInfo/regutools网站
错误报告	https://support.bioconductor.org/t/regutools网站

建议	仿生风格,针织物,参考管理器,rmarkdown公司,sessioninfo（会话信息）,测试那个(>= 2.1.0),覆盖（covr）
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
链接到我
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	regutools_1.16.0.tar.gz公司
Windows二进制	规则工具_1.16.0.zip
macOS二进制（x86_64）	regutools_1.16.0.tgz
macOS二进制（arm64）	regutools_1.16.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/regutools网站
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：程序包/regutools
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/regutools网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/regutools网站/
软件包下载报告	下载统计信息