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区域重新加载

RegioneReloaded:基因组区域集的多重关联


生物导体版本:释放(3.19)

RegioneReloaded是一个软件包,允许同时分析基因组区域集之间的关联,实现数据聚类和创建现成的发布图形。它接管并扩展了其前身regioneR的所有功能。它还包含了一种改进p值计算的策略,并将来自多重分析的z分数标准化,以便进行直接比较。RegioneReloaded通过添加新的绘图函数来获取发布就绪图,从而构建在regioneR的基础上。

作者:罗伯托·马林弗尼[aut,cre]、大卫·科鲁乔[aut]、伯纳特·盖尔[aut'

维护人员:Roberto Malinvini<Roberto.malinvini在gmail.com>

引文(从R中输入引文(“regioneReloaded”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“regioneReloaded”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“区域重新加载”)
区域重新加载 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 ChIPSeq公司,群集,副本编号变化,DNASeq公司,遗传学,甲基Seq,多重比较,软件
版本 1.6.0
在生物导体中 生物柴油3.16(R-4.2)(1.5年)
许可证 艺术-2.0
取决于 R(>=4.2),区域R
进口 统计数据,R彩色啤酒,Rtsne公司,乌玛,ggplot2,gg排斥,重塑2、方法、,规模,集群、网格、gr设备
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/RMalinverni/regione重新加载
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建议 rmarkdown公司,仿生风格,基因组信息Db,针织物,测试那个(>= 3.0.0)
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 区域已删除_1.6.0.tar.gz
Windows二进制 地区重新加载_1.6.0.zip
macOS二进制(x86_64) 区域重新加载_1.6.0.tgz
macOS二进制(arm64) 区域重新加载_1.6.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/regioneReloaded
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:程序包/区域重新加载
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/regione重新加载/
包短Url https://bioconductor.org/packages/regioneReloaded/
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