婴儿车

汇集RNA-seq数据集以组装转录模型

生物导体版本：释放（3.19）

公开的RNA-seq数据通常用于回顾性分析，以阐明新生物学。由大量RNA-seq数据集支持的新转录物发现已成为此类分析之一。为了提高从大量RNA-seq数据集中发现转录物的能力，我们开发了一个名为Pooling RNA-seqandAssembling Models（PRAM）的新R包，该包从汇集的RNA-seq数据集构建基因间区域的转录物模型。该软件包包括定义基因间区域、提取和汇集相关RNA-seq比对、预测、选择和评估转录模型的功能。

作者：刘鹏[aut，cre]，科林·杜威[aut]，苏恩杜斯·凯莱什[aut]

维护人员：刘鹏<pliu55.wisc at gmail.com>

引文（从R中输入引文（“pram”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“pram”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“婴儿车”）

整合RNA-seq和组装模型	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	生物学问题,基因预测,基因组注释,RNA序列,研究领域,排序,软件,技术,转录组学
版本	1.20.0
在生物导体中	生物技术3.9（R-3.6）（5年）
许可证	GPL（>=3）
取决于	R（>=3.6）
进口	方法，生物并行、工具、实用程序，数据表(>= 1.11.8),基因组比对(>= 1.16.0),rtracklayer公司(>= 1.40.6),生物遗传学(>= 0.26.0),基因组信息Db(>= 1.16.0),基因组范围(>= 1.32.0),I范围(>= 2.14.12),Rsamtools软件(>= 1.32.3),S4载体(>= 0.18.3)
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/pliu55/pram
错误报告	https://github.com/pliu55/pram/issues网站

建议	测试那个,仿生风格,针织物,rmarkdown公司
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	pram_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	婴儿车-1.20.0.zip
macOS二进制（x86_64）	pram_1.20.0.tgz
macOS二进制（arm64）	pram_1.20.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pram
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/婴儿车
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/pram/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/pram/
软件包下载报告	下载统计信息