寡聚物

寡核苷酸阵列的预处理工具


生物导体版本:释放(3.19)

用于在探针水平分析寡核苷酸阵列(expression/SNP/tiling/exon)的软件包。它目前支持Affymetrix(CEL文件)和NimbleGen阵列(XYS文件)。

作者:贝尼尔顿·卡瓦略和拉斐尔·伊里扎里

维护人员:贝尼尔顿·卡瓦略(Benilton Carvalho)

引文(从R中输入引文(“oligo”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

if(!require(“生物管理器”,悄悄=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“oligo”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“oligo”)
oligo用户指南 PDF格式
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 数据导入,差异表达式,ExonArray公司,基因表达式,微阵列,一个频道,预处理,SNP公司,软件,双通道
版本 1.68.2
在生物导体中 BioC 2.0(R-2.5)(17.5年)
许可证 LGPL(>=2)
取决于 R(>=3.2.0),生物遗传学(>= 0.13.11),寡头类(>= 1.29.6),博科生物(>= 2.27.3),生物串(>= 2.35.12)
进口 阿菲奥(>= 1.35.0),affxparser软件(>= 1.39.4),数据库接口(>= 0.3.1),ff(关闭)、图形、方法、,预处理核心(>= 1.29.0),RSQ网站(>=1.0.0),样条曲线,统计,统计4,实用程序,zlibbico公司
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/benilton/oligo
查看更多
建议 英国基因组。哈皮恩斯。加州大学旧金山分校hg18,hapmap100kxba,pd.hg.u95av2型,pd.mapping50k.xba240磅,pd.huex.1.0.st.v2,pd.hg18.60mer.expr公司,pd.hugene.1.0.st.v1,maqcExpression4plex,基因过滤器,利马,R彩色啤酒,寡头数据,仿生风格,针织物,RUnit(运行单位),生物反应器,注释Dbi,ACME公司,RCurl(RCurl)
链接到 预处理核心
增强功能 国防部军事司令部,doMPI(doMPI)
取决于我 斜体字,pdInfoBuilder,彪马,扫描。通用产品代码,寡头数据,pd.081229.hg18.发起人.medip.hx1,pd.2006.07.18.hg18.refseq.提示符,pd.2006.07.18.mm8.参考序列号,pd.2006.10.31.rn34.refseq.罗马特,太平洋航空公司,pd.aragene.1.0.st,第.1.1.st页,pd.ath1.121501,pd.巴利1,pd.bovgene.1.0.st版,pd.bovgene.1.st文件,pd.绵羊,pd.枯草杆菌,pd.范围.1.0.st,第1.1.st页,pd.嘌呤,pd.犬齿。2,pd.线虫,pd.charm.hg18示例,pd.鸡肉,pd.chigene.1.0.st,pd.chigene.1.st文件,pd.chogene.2.0.st,pd.chogenee.2.1.st版,pd.柑橘,pd.clariom.d.人类,pd.clariom.s.人类,pd.clariom.s.human.ht公司,pd.clariom.s.mouse公司,pd.clariom.s.mouse.ht公司,pd.clariom.s.rat公司,pd.clariom.s.rat.ht公司,pd.棉花,pd.语法.1.0.st,pd.cyngene.1.st版本,pd.cyrgene.1.0.st版,pd.cyrgene.1.1.st版,细胞遗传学阵列,pd.dogene.1.0.st版,pd.drogene.1.st(产品描述),玫瑰基因组1,pd.果蝇.2,pd.大肠杆菌.2,大肠杆菌,电子邮箱.asv2,pd.elegene.1.0.st,pd.elegene.1.st版,pd.equgene.1.0.st,pd.equgene.1.1.st版,pd.feinberg.hg18.me.hx1,pd.feinberg.mm8.me.hx1,pd.felgene.1.0.st,pd.felgene.1.st文件,PDF版本1.0.st,pd.fingene.1.st文件,pd.基因组5,pd.全基因组snp.6,pd.guigene.1.0.st,pd.guigene.1.st文件,pd.hc.g110号文件,聚焦,pd.hg.u133.加.2,pd.hg.u133a型,钯汞铀133a.2,pd.hg.u133a.标签,pd.hg.u133b型,pd.hg.u219型,pd.hg.u95a型,pd.hg.u95av2型,pd.hg.u95b型,pd.hg.u95c型,pd.hg.u95d型,pd.hg.u95e型,pd.hg18.60mer.expr公司,pd.ht.hg.u133.plus.pm文件,pd.ht.hg.u133a型,pd.ht.mg.430a,pd.hta.2.0版,pd.hu6800型,pd.huex.1.0.st.v2,pd.hugene.1.0.st.v1,pd.hugene.1.st.v1,pd.hugene.2.0.st,pd.匈牙利.2.1.st,pd.尺寸,pd.映射250k.nsp,pd.mapping250k.sty公司,pd.mapping50k.hind240,pd.映射50k.xba240,pd.margene.1.0.st版,pd.大号.1.1.st,pd.medgene.1.0.st,pd.medgene.1.st版,pd.医学,pd.mg.u74a型,pd.mg.u74av2,pd.mg.u74b型,pd.mg.u74bv2,pd.mg.u74c型,pd.mg.u74cv2型,局部mirna.1.0,pd.mirna.2.0版,局部mirna.3.0,局部mirna.3.1,pd.米尔纳4.0,产品编号:430a,pd.moe430b公司,pd.moex.1.0.st.v1,pd.mogene.1.0.st.v1,pd.mogene.1.1.st.v1,pd.mogene.2.0.st(pd.mogen.2.0.st),pd.发电机.2.1.st,pd.鼠标430.2,pd.鼠标430a.2,pd.mta.1.0版,pd.mu11ksuba公司,pd.mu11k橡胶,pd.nugo.hs1a520180,pd.nugo.mm1a520177,pd.卵生.1.0.st,pd.卵生.1.1.st,pd.pae.g1a,pd.等离子.无窗口,pd.pollar公司,pd.猪,pd.porgene.1.0.st版,pd.porgene.1.1.st文件,pd.rabgene.1.0.st,pd.rab基因.1.1.st,pd.rae230a型,pd.rae230b型,pd.raex.1.0.st.v1,pd.ragen.1.0.st.v1,pd.代理1.1.st.v1,pd.代理.2.0.st,pd.代理2.1.st,局部额定值230.2,pd.rcngene.1.0.st,pd.rcngenee.1.1.st文件,pd.rg.u34a型,pd.rg.u34b型,pd.rg.u34c,pd.rhegene.1.0.st,pd.rhegene.1.st文件,pd.rhesus公司,pd.冰,pd.rjpgene.1.0.st版,pd.rjpgene.1.1.st版本,pd.rn.u34号,局部放射治疗1.0,pd.rusgene.1.0.st,pd.rusgene.1.st文件,pd.s.aureus公司,pd.大豆,pd.大豆.1.0.st,pd.大豆.1.1.st,pd.甘蔗,pd.托马托,pd.u133.x3p型,葡萄球菌,pd.小麦,pd.x.laevis.2号,pd.x.热带,pd.xenobus.laevis公司,pd.酵母.2,pd.yg.s98型,pd.zebgene.1.0.st,pd.zebgene.1.st,pd.斑马鱼,pd.atdschip.瓷砖,pumadata公司,maEnd到End
导入我 ArrayExpress公司,中国农场,十字形的,联邦铁路管理局,斜体字,模仿者
建议我 法斯赛格,frma工具,hapmap100khind公司,hapmap100kxba,hapmap500knsp公司,hapmap500ksty公司,hapmapsnp5基因,hapmapsnp6基因,maqcExpression4plex,aroma.afmetrix公司,maGUI(主图形用户界面),RCPA公司
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 寡头1.68.2.tar.gz
Windows二进制 oligo_1.68.2.zip
macOS二进制(x86_64) 低聚_1.68.2.tgz
macOS二进制(arm64) 寡核苷酸1.68.2.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/oligo
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包裹/寡糖
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/oligo/
包短Url https://bioconductor.org/packages/oligo/
软件包下载报告 下载统计信息
BioC 3.19的旧源程序包 源存档