水手
水手:探索Hi-C
生物导体版本:释放(3.19)
用于在R中操作成对区域和处理Hi-C数据的工具。功能包括操作/合并成对区域、生成成对范围、从`.hic`文件中提取/聚合交互以及可视化结果。专为与用于可视化的plotgardener兼容而设计。
作者:埃里克·戴维斯
维护人员:埃里克·戴维斯<ericscottdavis at outlook.com>
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“水手”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“水手”)
细节
生物视图 |
功能基因组学,HiC公司,软件,可视化 |
版本 |
1.4.0 |
在生物导体中 |
生物柴油3.17(R-4.3)(1.5年) |
许可证 |
GPL-3公司 |
取决于 |
R(>=4.2.0) |
进口 |
方法,S4载体,生物遗传学,生物技术经理,基因组范围,交互集,数据表,统计,爱尔兰航空公司,胶,断言,plyranges系列,马格里特,聚类算法,呜呜声,进步,基因组信息Db,吸管(>= 0.0.91),DelayedArray(延迟阵列),HDF5阵列,阿宾德,BiocParallel公司,I范围,总结性实验,rhdf5型,绘图员,R彩色啤酒,颜色值,utils,grDevices,图形,网格 |
系统要求 |
|
统一资源定位地址 |
http://ericscottdavis.com/mariner/ |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。