iNET格栅
在单个基因网络中整合DNA甲基化数据和基因表达
生物导体版本:释放(3.19)
iNETgrate软件包提供了构建相关网络的功能,其中节点是基因。DNA甲基化和基因表达数据被整合以定义基因之间的联系。该网络用于识别基因的模块(簇)。每个产生的模块中的生物信息由本征基因表示。这些生物特征可以用作特征,例如用于将患者分类为风险类别。由此产生的生物特征非常可靠,并提供了潜在分子变化的整体视图。
作者:伊莎·梅塔,Ghazal Ebrahimi[aut],Hanie Samimi[aut],Habil Zare[aut,cre]
维护人员:哈比尔·扎尔(Habil Zare)<Zare at u.washington.edu>
引文(从R中输入引文(“iNETgrate”)
):
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“iNETgrade”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“iNETgrate”)
细节
生物视图 |
生物医学信息学,分类,群集,脱氧核糖核酸甲基化,尺寸缩减,基因表达式,基因预测,图形和网络,KEGG公司,网络,网络推理,规范化,主要组件,RNA序列,软件,生存,系统生物学,转录组学,mRNA微阵列 |
版本 |
1.2.0 |
在生物导体中 |
生物柴油3.18(R-4.3)(1年) |
许可证 |
GPL-3公司 |
取决于 |
R(>=4.3.0),仿生风格(>= 2.18.1) |
进口 |
总结性实验,基因组范围(>=1.24.1),统计,WGCNA公司,gr设备,图形,生存,记录仪,Pigengene公司(>= 1.19.26),猿人,格尔姆奈特,插入符号,gplots(gplots),米菲,矩阵统计,快速,第三年,潮汐选择,实用程序 |
系统要求 |
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统一资源定位地址 |
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错误报告 |
https://github.com/Bioconductor/BiocManager/issues网站 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。