iNET格栅

在单个基因网络中整合DNA甲基化数据和基因表达


生物导体版本:释放(3.19)

iNETgrate软件包提供了构建相关网络的功能,其中节点是基因。DNA甲基化和基因表达数据被整合以定义基因之间的联系。该网络用于识别基因的模块(簇)。每个产生的模块中的生物信息由本征基因表示。这些生物特征可以用作特征,例如用于将患者分类为风险类别。由此产生的生物特征非常可靠,并提供了潜在分子变化的整体视图。

作者:伊莎·梅塔,Ghazal Ebrahimi[aut],Hanie Samimi[aut],Habil Zare[aut,cre]

维护人员:哈比尔·扎尔(Habil Zare)<Zare at u.washington.edu>

引文(从R中输入引文(“iNETgrate”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“iNETgrade”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“iNETgrate”)
iNETgrate:在基因网络中整合基因表达和DNA甲基化数据 PDF格式 R脚本
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细节

生物视图 生物医学信息学,分类,群集,脱氧核糖核酸甲基化,尺寸缩减,基因表达式,基因预测,图形和网络,KEGG公司,网络,网络推理,规范化,主要组件,RNA序列,软件,生存,系统生物学,转录组学,mRNA微阵列
版本 1.2.0
在生物导体中 生物柴油3.18(R-4.3)(1年)
许可证 GPL-3公司
取决于 R(>=4.3.0),仿生风格(>= 2.18.1)
进口 总结性实验,基因组范围(>=1.24.1),统计,WGCNA公司,gr设备,图形,生存,记录仪,Pigengene公司(>= 1.19.26),猿人,格尔姆奈特,插入符号,gplots(gplots),米菲,矩阵统计,快速,第三年,潮汐选择,实用程序
系统要求
统一资源定位地址
错误报告 https://github.com/Bioconductor/BiocManager/issues网站
查看更多
建议 针织物,组织Hs.eg.db,组织管理例会.db,IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19公司,注释Dbi,sesame数据,TCG生物链(>= 2.29.4)
链接到
增强功能
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 iNETgrate_1.2.0.tar.gz
Windows二进制 iNETgrate_1.2.0.zip
macOS二进制(x86_64) iNETgrate_1.2.0.tgz
macOS二进制(arm64) iNETgrate_1.2.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/iNETgrate网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/iNETgrade
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/iNET链接/
包短Url https://bioconductor.org/packages/iNETgrate网站/
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