fmcsR公司

错配容限最大公共子结构搜索


生物导体版本:释放(3.19)

fmcsR软件包引入了一种高效的最大公共子结构(MCS)算法,并结合了一种新的匹配策略,允许两个小分子共享子结构中的原子和/或键不匹配。由此产生的柔性MCS(FMCS)通常比严格的MCS大,从而在其源结构中识别出更常见的特征,并且在寻找具有弱结构相似性的化合物时具有更高的灵敏度。fmcsR包提供了几个实用程序,可以使用FMCS算法进行两两复合物比较、结构相似性搜索和聚类。

作者:Yan Wang、Tyler Backman、Kevin Horan、Thomas Girke

维护人员:托马斯·吉尔克(Thomas Girke)

引文(从R中输入引文(“fmcsR”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“fmcsR”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“fmcsR”)
fmcsR公司 HTML格式 R脚本
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新闻 文本

细节

生物视图 生物医学信息学,基于细胞的分析,化学信息学,群集,数据导入,基础设施,代谢组学,微量滴定板测定,药物遗传学,药物基因组学,蛋白质组学,软件,可视化
版本 1.46.0
在生物导体中 生物C 2.11(R-2.15)(12年)
许可证 艺术-2.0
取决于 R(>=2.10.0),化学工程师,方法
进口 RUnit(运行单位)、方法、,化学工程师,生物遗传学,平行
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/girke-lab/fmcsR
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 fmcsR_1.46.0.tar.gz格式
Windows二进制 fmcsR_1.46.0.zip格式(仅64位)
macOS二进制(x86_64) fmcsR_1.46.0.tgz
macOS二进制(arm64) fmcsR_1.46.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/fmcsR
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/fmcsR
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/fmcsR/
包短Url https://bioconductor.org/packages/fmcsR/
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