fmcsR公司
错配容限最大公共子结构搜索
生物导体版本:释放(3.18)
fmcsR软件包引入了一种高效的最大公共子结构(MCS)算法,并结合了一种新的匹配策略,允许两个小分子共享子结构中的原子和/或键不匹配。由此产生的柔性MCS(FMCSs)通常比严格的MCS更大,从而在其源结构中识别出更常见的特征,并且在寻找结构相似性较弱的化合物时具有更高的灵敏度。fmcsR包提供了几个实用程序,可以使用FMCS算法进行两两复合物比较、结构相似性搜索和聚类。
作者:Yan Wang、Tyler Backman、Kevin Horan、Thomas Girke
维护人员:托马斯·吉尔克(Thomas Girke)
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.软件包(“BiocManager”)BiocManager::安装(“fmcsR”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“fmcsR”)
细节
生物视图 |
生物医学信息学,基于细胞的分析,化学信息学,群集,数据导入,基础设施,代谢组学,微量滴定平板分析,药物遗传学,药物基因组学,蛋白质组学,软件,可视化 |
版本 |
1.44.0 |
在生物导体中 |
生物技术2.11(R-2.15)(11.5年) |
许可证 |
艺术-2.0 |
取决于 |
R(>=2.10.0),化学工程师,方法 |
进口 |
RUnit、方法、,化学工程师,生物遗传学,并行 |
系统要求 |
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统一资源定位地址 |
https://github.com/girke-lab/fmcsR |
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建议 |
生物风格,knitr,knitcitations,knitrBootstrap,rmarkdown |
链接到 |
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增强功能 |
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