法玛特
代谢和转录组数据的功能分析
生物导体版本：释放（3.19）
Famat旨在收集用户提供的基因和代谢物列表的数据，并通过Shiny应用程序将其可视化。收集的信息是：-含有用户基因和代谢物的通路（通过通路富集分析获得）。-路径内用户元素之间的直接交互有关元素的信息（其标识符和描述）对用户基因进行Go术语富集分析。Shiny应用程序由以下内容组成：-有关基因、代谢物的信息，以及它们之间在路径中的直接相互作用。-显示列表中哪些元素位于路径中的heatmap（路径是按层次结构构建的）使用分子功能和生物过程的富集go-terms层次。
作者：马修·查尔斯
维护人员：马修·查尔斯（Mathieu Charles）<Mathieu.Charles at inrae.fr>
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“famat”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
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细节
| 生物视图 |
功能预测,GO（开始）,GeneSet扩展,KEGG公司,路径,反应途径,软件 |
| 版本 |
1.14.0 |
| 在生物导体中 |
生物柴油3.12（R-4.0）（3.5年） |
| 许可证 |
GPL-3型 |
| 取决于 |
R（>=4.0） |
| 进口 |
KEGGREST公司,mgcv公司，统计，偏置Urn,数字播放器,g配置文件2,rWikiPathways（维基路径）,反应.db,字符串,政府.db,本体索引,第三年,闪亮的,闪亮的仪表板,闪亮BS,巧妙地,马格里特,DT公司,clusterProfiler（群集探查器）,组织Hs.eg.db |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/emiliescherre/famat（网址：https://github.com/emiliescherre/famat） |
| 错误报告 |
https://github.com/emiliesecherre/famat/issues网站 |
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程序包档案
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