enrichViewNet

从功能富集结果到生物网络


生物导体版本:释放(3.19)

该软件包可以将功能充实结果可视化为网络图。首先,该软件包能够以与gprofiler2生成的格式相对应的格式将富集结果可视化为可定制的Cytoscape网络。在这些网络中,基因数据集(GO术语/通路/蛋白质复合物)和与数据集相关的基因都表示为节点。而边缘将每个基因连接到其数据集。该包还提供了从功能丰富结果创建丰富映射的选项。丰富图可以将丰富的术语可视化为一个网络,网络的边缘连接重叠的基因。

作者:Astrid Deschánes[aut,cre],帕斯卡·贝劳[aut],罗伯特·福雷,玛丽亚·费尔南德斯亚历山大·克拉斯尼茨[aut]

维护人员:Astrid Deschánes<adeschen at hotmail.com>

引文(从R中输入引文(“enrichViewNet”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“enrichViewNet”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“enrichViewNet”)
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新闻 文本

细节

生物视图 生物学问题,GO(开始),网络,网络丰富,软件
版本 1.2.0
在生物导体中 生物柴油3.18(R-4.3)(1年)
许可证 艺术-2.0
取决于 R(>=4.2.0)
进口 g配置文件2,应激,RCy3号机组,jsonlite公司,字符串,浓缩图,剂量,方法
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/adeschen/encrichViewNet https://adeschen.github.io/enrichViewNet/
错误报告 https://github.com/adeschen/encrichViewNet/issues
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 enrichViewNet_1.2.0.tar.gz
Windows二进制 enrichViewNet_1.2.0.zip
macOS二进制(x86_64) enrichViewNet_1.2.0.tgz
macOS二进制(arm64) enrichViewNet_1.2.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/enrichViewNet
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/enrichViewNet
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/enrichViewNet/
包短Url https://bioconductor.org/packages/enrichViewNet/
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