enrichViewNet
从功能富集结果到生物网络
生物导体版本:释放(3.19)
该软件包可以将功能充实结果可视化为网络图。首先,该软件包能够以与gprofiler2生成的格式相对应的格式将富集结果可视化为可定制的Cytoscape网络。在这些网络中,基因数据集(GO术语/通路/蛋白质复合物)和与数据集相关的基因都表示为节点。而边缘将每个基因连接到其数据集。该包还提供了从功能丰富结果创建丰富映射的选项。丰富图可以将丰富的术语可视化为一个网络,网络的边缘连接重叠的基因。
作者:Astrid Deschánes[aut,cre],帕斯卡·贝劳[aut],罗伯特·福雷,玛丽亚·费尔南德斯亚历山大·克拉斯尼茨[aut]
维护人员:Astrid Deschánes<adeschen at hotmail.com>
引文(从R中输入引文(“enrichViewNet”)
):
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“enrichViewNet”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“enrichViewNet”)
细节
生物视图 |
生物学问题,GO(开始),网络,网络丰富,软件 |
版本 |
1.2.0 |
在生物导体中 |
生物柴油3.18(R-4.3)(1年) |
许可证 |
艺术-2.0 |
取决于 |
R(>=4.2.0) |
进口 |
g配置文件2,应激,RCy3号机组,jsonlite公司,字符串,浓缩图,剂量,方法 |
系统要求 |
|
统一资源定位地址 |
https://github.com/adeschen/encrichViewNet https://adeschen.github.io/enrichViewNet/ |
错误报告 |
https://github.com/adeschen/encrichViewNet/issues |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。