更容易的
从RNA-seq数据估计系统免疫应答
生物导体版本：释放（3.19）
该软件包为EaSIeR工具的使用提供了一个工作流程，该工具用于评估患者对ICB疗法的反应可能性，仅提供患者的RNA-seq数据作为输入。我们将RNA-seq数据与不同类型的先验知识相结合，从多个角度提取肿瘤微环境的定量描述符，包括免疫储备的组成以及细胞内外通信的活性。然后，我们使用在TCGA数据中训练的多任务机器学习来确定这些描述符如何同时预测抗癌免疫反应的几个最先进的特征。通过这种方式，我们得出了癌症特异性模型，并确定了免疫反应的癌症特异性系统生物标志物。这些生物标记物已在文献中得到实验验证，EaSIeR预测的性能已通过使用来自四种不同癌症类型的独立数据集以及接受抗PD1或抗PDL1治疗的患者进行验证。
作者：奥斯卡·拉普恩特·桑塔纳
，费德里科·马里尼[aut]，Arsenij Ustjanzew[aut]，弗朗西丝卡·菲诺特洛[aut]，费德里卡·埃德瓦塔[aut]
维护人员：奥斯卡·拉普滕特·桑塔纳（Oscar Lapuntee-Santana）<o.Lapuente.Santana at tue.nl>
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“更容易”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览幻影（“更容易”）
细节
| 生物视图 |
生物医学信息学,分类,表观遗传学,实验中心软件,基因表达式,GeneSet扩展,免疫肿瘤学,路径,回归,软件,系统生物学,转录 |
| 版本 |
1.10.0 |
| 在生物导体中 |
生物柴油3.14（R-4.1）（2.5年） |
| 许可证 |
MIT+文件许可证 |
| 取决于 |
R（>=4.2.0） |
| 进口 |
后代,easierData公司,多萝西娅(>= 1.6.0),解耦器R,量子化序列,收益率，gr设备，统计，图形，ggplot2,ggpubr公司,DESeq2公司，实用程序，数字播放器,第三年,易怒的,矩阵统计,爱尔兰航空公司,生物并行,重塑2,rstatix公司,gg排斥,马格里特,硬币 |
| 系统要求 |
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| 统一资源定位地址 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
