梦想家

具有复杂研究设计的单细胞转录组数据集的可缩放差异表达分析

生物导体版本：释放（3.19）

单细胞/细胞核转录组学技术的最新进展使得收集队列规模的数据集能够研究与疾病状态、刺激和遗传调控相关的细胞类型特异性基因表达差异。这些数据的规模、复杂的研究设计和每个细胞的低读取计数意味着表征细胞类型特定的分子机制需要用户友好的、专门构建的分析框架。我们开发了dreamlet软件包，该软件包应用了伪体方法，并为每个基因和细胞簇拟合了回归模型，以测试与感兴趣特征相关的个体之间的差异表达。使用精确加权线性混合模型可以考虑重复测量研究设计、高维批处理效应以及每个生物样本不同的测序深度或观察到的细胞。

作者：加布里埃尔·霍夫曼

维护人员：加布里埃尔·霍夫曼（Gabriel Hoffman）

引文（从R中输入引文（“dreamlet”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“dreamlet”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“dreamlet”）

单细胞RNA-seq的Dreamlet分析	HTML格式	R脚本
错误处理	HTML格式	R脚本
加载大规模H5AD数据集	HTML格式	R脚本
dreamlet之后的mashr分析	HTML格式
连续细胞级协变量建模	HTML格式	R脚本
测试非线性效应	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	BatchEffect（批次效果）,差异表达式,表观遗传学,功能基因组学,基因表达式,基因调控,GeneSet扩展,免疫肿瘤学,规范化,预处理,质量控制,RNA序列,回归,排序,单个单元格,软件,转录组学
版本	1.2.1
在生物导体中	生物柴油3.18（R-4.3）（1年）
许可证	艺术-2.0
取决于	R（>=4.3.0），差异分区(>= 1.33.11),单细胞实验,ggplot2
进口	边缘R,总结性实验,延迟矩阵统计,稀疏矩阵统计,矩阵泛型,矩阵、方法、，呜呜声,GSEA基地,数据表,天顶(>= 1.1.2),捣碎机(>= 0.2.52),灰烬,数字播放器,BiocParallel公司,蜂群,S4载体,I范围,厄尔巴,利马,metafor公司,remaCor公司,扫帚,第三年,爱尔兰航空公司,生物遗传学,DelayedArray（延迟阵列）,gtools公司,重塑2,gg排斥,散射孔,卢比,lme4公司(>= 1.1-33),MASS（质量）,Rdpack公司，实用程序，统计数据
系统要求	C++11语言
统一资源定位地址	https://DiseaseNeurogenomics.github.io/dreamlet疾病神经基因组学
错误报告	https://github.com/DiseaseNeurogenomics/dreamlet/issues

建议	仿生风格,针织物,迎合,rmarkdown公司,麝香葡萄酒,实验中心,RU单位,散射,舷窗
链接到	卢比,海滩上的人
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	dreamlet_1.2.1.tar.gz
Windows二进制	dreamlet_1.2.1.zip（仅64位）
macOS二进制（x86_64）	dreamlet_1.2.1.tgz
macOS二进制（arm64）	dreamlet_1.2.1.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dreamlet
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/dreamlet
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/dreamlet/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/dreamlet/
软件包下载报告	下载统计信息
BioC 3.19的旧源代码包	源存档