数据2
根据扩增子测序数据进行准确、高分辨率的样本推断
生物导体版本:释放(3.19)
dada2包从高通量扩增子测序数据中推断出精确的扩增子序列变体(ASV),取代了较粗和较低精度的OTU聚类方法。dada2管道将解复用后的fastq文件作为输入,并在删除替换错误和嵌合体错误后输出序列变量及其采样丰度。通过RDP朴素贝叶斯分类器的本地实现,以及通过精确匹配对16S rRNA基因片段进行物种级分配,可以进行分类。
作者:本杰明·卡拉汉(Benjamin Callahan)、保罗·麦克默迪(Paul McMurdie)、苏珊·霍姆斯(Susan Holmes)
维护人员:本杰明·卡拉汉(Benjamin Callahan)<Benjamin.j.Callahan at gmail.com>
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
if(!require(“生物管理器”,悄悄=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“dada2”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
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浏览幻影(“dada2”)
细节
生物视图 |
分类,免疫肿瘤学,基因组,微生物组,排序,软件 |
版本 |
1.32.0 |
在生物导体中 |
生物多样性3.3(R-3.3)(8.5年) |
许可证 |
LGPL-2型 |
取决于 |
R(>=3.4.0),卢比(>=0.12.0),方法(>=3.4.0) |
进口 |
生物串(>= 2.42.1),ggplot2(>= 2.1.0),重新整形2(>= 1.4.1),短读(>= 1.32.0),Rcpp并行(>=4.3.0),平行(>=3.2.0),I范围(>= 2.6.0),十六矢量(>= 0.16.0),生物遗传学(>= 0.22.0) |
系统要求 |
GNU品牌 |
统一资源定位地址 |
http://benjjneb.github.io/dada2/ |
Bug报告 |
https://github.com/benjjneb/dada2/issues网站 |
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程序包档案
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