编码器

RNAseq数据模拟、差异表达分析和差异表达方法的性能比较

生物导体版本：释放（3.19）

该软件包提供了广泛的功能，用于比较不同方法获得的结果，以便对RNAseq数据进行差异表达分析。它还包含用于模拟计数数据的函数。最后，它为执行差异表达式分析的几个包提供了方便的接口。这些还可以用作模板，用于在包的框架内设置和运行用户定义的差异分析工作流。

作者：夏洛特·索尼森，保罗·巴斯蒂德[aut]，梅丽娜·加洛平[aut]

维护人员：夏洛特·索尼森

引文（从R中输入引文（“compcodeR”）):

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“compcodeR”）

对于旧版本的R，请参阅相应的生物导体释放.

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“compcodeR”）

生物视图	差异表达式,免疫肿瘤学,RNA序列,软件
版本	1.40.0
在生物导体中	生物技术2.14（R-3.1）（10年）
许可证	GPL（>=2）
取决于	R（>=4.0），平方米
进口	knitr（>=1.2）、markdown、ROCR、lattice（>=0.16）、gplots、gtools、caTools、grid、KernSmooth、MASS、ggplot2、stringr、modeest、，边缘R,利马，vioplot，methods，stats，utils，ape，phylolm，matrixStats，grDevices，图形，rmarkdown，shinny，shinydashboard
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/csoneson/compcodeR
错误报告	https://github.com/csoneson/compcodeR/issues

建议	仿生风格,EB序列,DESeq2公司(>= 1.1.31),基因过滤器,NOISeq公司,TCC公司，NBPSeq（>=0.3.0），植物醇，phangorn，testtat，ggtree公司、tidytree、statmod、covr、，特别行政区，tcltk
链接到
增强功能	rpanel公司，决策支持系统
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	压缩码R_1.40.0.tar.gz
Windows二进制	压缩代码R_1.40.0.zip
macOS二进制（x86_64）	压缩码R_1.40.0.tgz
macOS二进制（arm64）	压缩码R_1.40.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/compcodeR
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/compcodeR
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/compcodeR/
程序包短Url	https://bioconductor.org/packages/compcodeR/
软件包下载报告	下载统计信息