色度
ChIP-Seq数据的组合和差分染色质状态分析
生物导体版本:释放(3.19)
该软件包实现了对ChIP-seq数据进行组合和差分分析的功能。它包括单变量和多变量峰值调用、导出到基因组浏览器可视文件以及浓缩分析功能。
作者:Aaron Taudt、Maria Colome Tatche、Matthias Heinig、Minh Anh Nguyen
维护人员:Aaron Taudt<Aaron.Taudt at gmail.com>
引文(从R中输入引文(“chromstaR”)
):
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“chromstaR”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“chromstaR”)
细节
生物视图 |
ATACSeq公司,ChIPSeq公司,差异峰值呼叫,HiddenMarkov模型,组蛋白修饰,免疫肿瘤学,多重比较,峰值检测,排序,软件 |
版本 |
1.30.0 |
在生物导体中 |
生物化学3.4(R-3.3)(8年) |
许可证 |
艺术-2.0 |
取决于 |
R(>=3.5.0),基因组范围,ggplot2,chromstaR数据 |
进口 |
方法、utils、grDevices、图形、统计、,foreach公司,do并行,生物遗传学(>= 0.31.6),S4载体,基因组信息Db,I范围,重塑2,Rsamtools软件,基因组比对,竹信号,mvtnorm公司 |
系统要求 |
|
统一资源定位地址 |
https://github.com/ataudt/chromstaR |
错误报告 |
https://github.com/ataudt/chromstaR/issues |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。