cfDNAPro公司
cfDNAPro从无细胞DNA的全基因组测序数据中提取并可视化生物特征
生物导体版本：释放（3.19）
cfDNA片段具有构建癌症样本分类ML模型的重要特征，例如片段大小和片段末端基序等。以一种精心策划、标准化、可扩展、记录良好和可复制的方式分析和可视化片段大小度量以及其他生物特征可能需要大量时间。该包旨在解决这些问题并简化流程。它为cfDNA特征表征和可视化提供了两组功能。
作者：王海超（aut，cre）、赵慧（Hui Zhao）、陈爱琪（Elkie Chan）、克里斯托弗·史密斯（Christopher Smith）、托默·卡普兰（Tomer Kaplan）、弗洛里安·马尔科维茨（Florian Markowetz）、尼赞·罗森菲尔德（Nitzan Rosenfeld）
维护人员：王海超<hw538 at cam.ac.uk>
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“cfDNAPro”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览幻影（“cfDNAPro”）
细节
| 生物视图 |
排序,软件,可视化,全基因组 |
| 版本 |
1.10.0 |
| 在生物导体中 |
生物柴油3.12（R-4.0）（4年） |
| 许可证 |
GPL-3公司 |
| 取决于 |
R（>=4.1.0），马格里特(>= 1.5.0) |
| 进口 |
易怒的,基因组比对,I范围,plyranges系列,基因组信息Db,基因组范围,生物遗传学，统计，实用程序，数字播放器(>= 0.8.3),字符串(>= 1.4.0),量子力学(>= 0.4),ggplot2(>= 3.2.1),Rsamtools软件(>= 2.4.0),爱尔兰航空公司(>= 0.4.0),英国基因组。哈皮恩斯。加州大学旧金山分校hg38,英国基因组。哈皮恩斯。加州大学圣保罗分校hg19,英国基因组。哈皮恩斯。NCBI。GRCh38型 |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/hw538/cfDNAPro |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
