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断点R

在Strand-seq数据中查找断点


生物导体版本:释放(3.19)

这个包实现了查找断点、绘制和导出Strand-seq数据的功能。

作者:David Porubsky、Ashley Sanders、Aaron Taudt

维护人员:大卫·波鲁布斯基<David.Porubsky在gmail.com>

引文(从R中输入引文(“断点R”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“断点R”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览渐晕图(“断点R”)
如何使用断点R PDF格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本
许可证 文本

细节

生物视图 新闻报道,DNASeq公司,排序,单个单元格,软件
版本 1.22.0
在生物导体中 生物技术3.8(R-3.5)(5.5年)
许可证 文件许可证
取决于 R(>=3.5),基因组范围,奶牛场,断点Rdata
进口 方法、utils、grDevices、stats、,S4载体,基因组信息Db(>= 1.12.3),I范围,Rsamtools软件,基因组比对,ggplot2,生物遗传学,gtools(工具),do并行,foreach公司
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/daewoooo/BreakPointR
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 断点R_1.22.0.tar.gz
Windows二进制 断点R_1.22.0.zip(仅64位)
macOS二进制(x86_64) 断点R_1.22.0.tgz
macOS二进制(arm64) 断点R_1.22.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/breakpoint R网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/断点R
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/断点R/
包短Url https://bioconductor.org/packages/breakpoint R网站/
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