bnem公司

从微扰实验的间接测量中训练逻辑模型


生物导体版本:释放(3.19)

bnem将嵌套效应模型(package mnem)的间接测量与CellNOptR的布尔网络相结合。分析细胞中信号节点的扰动实验对整体基因表达谱的影响。这些简档为网络中下游节点的布尔调节提供了证据,例如,两个父母是独立激活他们的孩子(OR门)还是联合激活他们的孩子(AND门)。

作者:马丁·皮尔克

维护人员:马丁·皮尔克(Martin Pirkl)

引文(从R中输入引文(“bnem”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“bnem”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“bnem”)
bnem.html(英文) HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 基因表达式,基因调控,网络,网络推理,路径,预处理,软件,系统生物学
版本 1.12.0
在生物导体中 生物C 3.13(R-4.1)(3.5年)
许可证 GPL-3公司
取决于 R(>=4.1)
进口 蜂窝NOptR,矩阵统计,降雪,Rgraphviz公司,集群,弗莱克斯集群,统计,R彩色啤酒,epiNEM公司,记忆,博科生物、方法、实用程序、图形、,图表,阿菲,二进制,利马,特别行政区,vsn(vsn),rmarkdown公司
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/MartinFXP/bnem网址/
错误报告 https://github.com/MartinFXP/bnem/issues网站
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 bnem_1.12.0.tar.gz
Windows二进制 bnem_1.12.0.zip格式(仅64位)
macOS二进制(x86_64) bnem_1.12.0.tgz型
macOS二进制(arm64) bnem_1.12.0.tgz型
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/bnem
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/bnem
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/bnem/
包短Url https://bioconductor.org/packages/bnem/
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