TFHAZ公司

转录因子高聚集区

生物导体版本：释放（3.19）

它发现了转录因子（TF）高积累DNA区域，即基因组中不同转录因子高存在的区域。从包含TF结合区域基因组位置的数据集开始，计算所选染色体的每个碱基的TF累积。有三种不同类型的累加（TF、区域累加和基数累加），以及在单基数累加计算中考虑TF不仅存在于单个基数中，还存在于给定宽度窗口内的邻近基数中的可能性。有两种不同的方法可用于搜索TF高积累DNA区域，称为“结合区域”和“重叠”。此外，还提供了一些功能，以分析、可视化和比较不同输入参数获得的结果。

作者：阿尔贝托·马切西（Alberto Marchesi）、西尔维娅·卡西亚内利（Silvia Cascianelli）、马塞罗利（Marco Masseroli）

维护人员：盖亚·塞迪亚（Gaia Ceddia）

引文（从R中输入引文（“TFHAZ”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“TFHAZ”）

对于旧版本的R，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览渐晕图（“TFHAZ”）

TFHAZ公司	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式

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细节

生物视图	生物学问题,ChIPSeq公司,新闻报道,软件,转录
版本	1.26.0
在生物导体中	生物技术3.6（R-3.4）（6.5年）
许可证	艺术-2.0
取决于	R（>=3.5.0）
进口	基因组范围,S4载体，grDevices，图形，统计数据，实用程序，I范围、方法、，ORFik公司
系统要求
统一资源定位地址

建议	仿生风格,针织物,rmarkdown公司
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	TFHAZ_1.26.0.tar.gz
Windows二进制	TFHAZ_1.26.0.zip文件
macOS二进制（x86_64）	TFHAZ_1.26.0.tgz
macOS二进制（arm64）	TFHAZ_1.26.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TFHAZ
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包装/TFHAZ
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/TFHAZ网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/TFHAZ/
软件包下载报告	下载统计信息
BioC 3.19的旧源程序包	源存档