光谱

质谱数据的光谱基础设施

生物导体版本：释放（3.19）

Spectra软件包定义了一个高效的基础设施，用于存储和处理质谱光谱，以及子集、处理、可视化和比较光谱数据的功能。它提供了不同的实现方式（后端）来存储质谱数据。这些包括为快速数据访问和处理而优化的后端，以及为确保较小内存占用的超大数据集而调整的后端。

作者：RforMasssometry软件包维护人员[cre]，Laurent Gatto[aut]，约翰·雷纳[aut]，塞巴斯蒂安·吉布，菲律宾路易[aut]，简·斯坦斯特拉普、尼尔·沙哈夫（Nir Shahaf）[ctb]、马尔·加西亚-阿洛伊（Mar Garcia-Aloy）[ctb]

维护人员：RforMassSpectrometry软件包维护者<RforMassSpectrometry.org上的维护者>

引文（从R中输入引文（“光谱”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“Spectra”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览渐晕图（“光谱”）

创建新的`MsBackend`类	HTML格式	R脚本
Spectra对象的描述和使用	HTML格式	R脚本
使用Spectra进行大规模数据处理	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

需要帮助吗？请访问生物导体支持网站！

细节

生物视图	基础设施,质谱学,代谢组学,蛋白质组学,软件
版本	1.14.1
在生物导体中	生物柴油3.12（R-4.0）（4年）
许可证	艺术-2.0
取决于	R（>=4.0.0），S4载体,生物并行,ProtGenerics公司(>= 1.35.4)
进口	方法，I范围,MsCoreUtils（MsCore实用程序）（>=1.7.5），图形，grDevices，stats，tools，utils，英尺,生物遗传学,MetaboCoreUtils（元核心实用程序）
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/RforMassSpectrometry/Spetra
错误报告	https://github.com/RforMassSpectrometry/Spectra/issues网站

建议	测试那个,针织物(>= 1.1.0),msdata（msdata）(>= 0.19.3),氧气2,仿生风格(>= 2.5.19),毫兹罗(>= 2.19.6),rhdf5型(>= 2.32.0),rmarkdown公司,vdiffr公司(>= 1.0.0),msentropy（熵）,帕特里克
链接到
增强功能
取决于我	hdxmsqc,MetCirc公司,MsBackendMassbank,消息后端管理,返回消息,MsBackendRawFileReader,MsBackendSql
导入我	复合Db,元数据库注释,理学硕士实验,Ms质量,xcms公司
建议我	MetNet公司,MsDataHub（消息数据中心）,PS匹配,RaMS公司
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	光谱_1.14.1.tar.gz
Windows二进制	光谱_1.14.1.zip（仅64位）
macOS二进制（x86_64）	光谱_1.14.1.tgz
macOS二进制（arm64）	光谱_1.14.1.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Spectra
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包装/光谱
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/Spetra网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/Spectra/
软件包下载报告	下载统计信息
BioC 3.19的旧源程序包	源存档