单细胞通道实验
免疫基因等位基因和功能水平的单细胞数据S4类
生物导体版本：释放（3.19）
定义基于SingleCellExperiment的S4类。除了通常的基因层外，该对象还可以在等位基因和功能级别存储免疫基因的数据，如HLA、Igs和KIR。该软件包是名为单细胞免疫基因组多样性（scIGD）的工作流的一部分，该工作流首先包含免疫基因的等位基因软件量化数据。然后，可以将这些新数据和这里实现的数据结构和功能一起使用，以进行进一步的数据处理和数据分析。
作者：乔纳斯·舒克
，艾哈迈德·阿贾米[aut]，费德里科·马里尼[aut]，凯萨琳娜·伊姆凯勒[aut]
维护人员：乔纳斯·舒克（Jonas Schuck）
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“单细胞通道实验”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览Vignets（“单细胞等位基因实验”）
细节
| 生物视图 |
数据导入,数据表示,基因表达式,遗传学,免疫肿瘤学,基础设施,单个单元格,软件,转录组学 |
| 版本 |
1.0.0 |
| 在生物导体中 |
生物C 3.19（R-4.4）（<6个月） |
| 许可证 |
MIT+文件许可证 |
| 取决于 |
R（>=4.4.0），单细胞实验 |
| 进口 |
总结性实验,生物并行,延迟阵列、方法、实用程序，矩阵,S4载体，统计信息 |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/AGImkeller/SingleCellAllele实验 |
| 错误报告 |
https://github.com/AGImkeller/SingleCellAlleleExperiment/issues |
查看更多
| 建议 |
扫描数据,针织物,rmarkdown公司,仿生风格,尖叫声,散射,舷窗,ggplot2,拼凑的,组织Hs.eg.db,注释Dbi,DropletUtils公司,测试那个(>= 3.0.0) |
| 链接到 |
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| 增强功能 |
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| 取决于我 |
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| 导入我 |
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| 建议我 |
扫描数据 |
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生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
