SeqGate公司

低表达特征的过滤

生物导体版本：释放（3.19）

筛选低表达特征（例如基因）是执行统计分析之前的常见步骤，但通常会选择任意阈值。SeqGate实现了一种方法，通过分析重复样本中计数的分布来合理化这一步骤。门是一个阈值，超过这个阈值，序列特征就可以被视为可靠的量化特征。

作者：克里斯蒂尔·雷内斯（Christelle Reynès）[aut]，圣芬妮·瑞尔（Stéphanie Rialle）[aut，cre]

维护人员：Stéphanie Rialle<stephanie.riale在mgx.cnrs.fr>

引文（从R中输入引文（“SeqGate”）):

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“SeqGate”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览Vignets（“SeqGate”）

生物视图	差异表达式,基因表达式,RNA序列,排序,软件,转录组学
版本	1.14.0
在生物导体中	生物柴油3.12（R-4.0）（3.5年）
许可证	GPL（>=2.0）
取决于	S4载体,总结性实验,基因组范围
进口	统计、方法、，生物技术经理
系统要求
统一资源定位地址
错误报告	https://github.com/srialle/SeqGate/issues

建议	测试那个(>= 3.0.0),边缘R,生物风格,针织物,rmarkdown公司
链接到
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取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	序列门_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	SeqGate_1.14.0.zip
macOS二进制（x86_64）	序列网关_1.14.0.tgz
macOS二进制（arm64）	序列网关_1.14.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SeqGate网站
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：packages/SeqGate
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/SeqGate网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/SeqGate网站/
软件包下载报告	下载统计信息