SNPhood公司
SNPhood:使用NGS数据调查、量化和可视化SNP的表观基因组邻域
生物导体版本:释放(3.19)
迄今为止,已发现数千个单核苷酸多态性(SNP)与复杂性状和疾病相关。然而,这些与疾病相关的SNP绝大多数位于基因组的非编码部分,可能影响调控元件,如增强子和启动子,而不是蛋白质的功能。因此,为了了解遗传性状和疾病的分子机制,研究SNP对染色质环境或转录因子(TF)结合等邻近分子性状的影响变得越来越重要。为此,我们开发了SNPhood,这是一个用户友好的*Bioconductor*R软件包,用于调查和可视化NGS数据感兴趣的一组SNP的局部邻域,例如ChIP-Seq或RNA-Seq实验中的染色质标记或转录因子结合位点。SNPhood包含一组易于使用的功能,用于提取、规范化和汇总基因组区域的读取,执行各种数据质量检查,使用其他输入文件规范化读取计数,并根据绑定模式对区域进行聚类和可视化。每个SNP周围的区域可以以用户定义的方式装箱,以便分析非常广泛的模式以及详细调查特定的装订形状。此外,SNPhood支持与基因型信息集成,以研究和可视化基因型特异性结合模式。最后,SNPhood可用于确定、研究和可视化感兴趣SNP周围的等位基因特异性结合模式。
作者:Christian Arnold[aut,cre],Pooja Bhat[aut],Judith Zaugg[aut]
维护人员:克里斯蒂安·阿诺德(Christian Arnold)
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
if(!require(“生物管理器”,悄悄=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“SNPhood”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“SNPhood”)
细节
生物视图 |
软件 |
版本 |
1.34.0 |
在生物导体中 |
生物技术3.2(R-3.2)(9年) |
许可证 |
LGPL(>=3) |
取决于 |
R(>=3.5.0),基因组范围,Rsamtools软件,数据表,将死 |
进口 |
DESeq2公司,集群,ggplot2,晶格,基因组信息Db(>= 1.34.8),生物并行,变量注释,生物遗传学,I范围、方法、,总结性实验,R彩色啤酒,生物串,gr设备,额外网格,stats,网格,utils,重新整形2,规模,S4载体 |
系统要求 |
|
统一资源定位地址 |
https://bioconductor.org/packages/SNPhood网站 |
Bug报告 |
邮寄地址: |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。