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RNA-Seq多映射读取量化工具
生物导体版本:释放(3.19)
RNA-Seq目前是常规使用的,它提供了有关基因转录的准确信息。然而,该方法不能准确估计重复基因的表达。以前曾使用过几种策略,但所有这些策略都提供了有偏见的结果。使用Rmmquant,如果读取的地图位于不同的位置,该工具会检测到相应的基因重复;它合并基因并创建一个合并的基因。然后,根据输入基因和合并的基因计算歧义读取数。Rmmquant是广泛使用的工具findOverlaps和featureCounts的替代品,它们以一种无偏见的方式处理多映射读取。
作者:兹特尼基·马提亚斯[aut,cre]
维护人员:Zytnicki Matthias<马蒂亚斯·Zytnicki at inra.fr>
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)生物管理器::安装(“Rmquant”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“Rmmquant”)
细节
生物视图 |
基因表达式,软件,转录 |
版本 |
1.22.0 |
在生物导体中 |
生物技术3.8(R-3.5)(5.5年) |
许可证 |
GPL-3公司 |
取决于 |
R(>=3.6) |
进口 |
卢比(>=0.12.8),方法,S4载体,基因组范围,总结性实验,开发工具,TBX20Bam子集,TxDb(发送日期)。姆穆苏卢斯。UCSC.mm9.known基因,组织结构图,DESeq2公司,阿佩格尔姆,仿生风格 |
系统要求 |
C++11语言 |
统一资源定位地址 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。