RegEnrich公司
基因调节剂富集分析
生物导体版本:释放(3.19)
该软件包是一个管道,用于识别生物过程中的关键基因调节器,例如在细胞分化和刺激后的细胞发育中。这条管道有四个主要步骤:(1)差异表达分析;(2) 调节器目标网络推理;(3) 富集分析;以及(4)监管机构评分和排名。
作者:Tao Weiyang[cre,aut],Aridaman Pandit[aut]
维护人员:陶卫阳(Weiyang Tao)<gmail.comweiyangtao1513
引文(从R中输入引文(“RegEnrich”)
):
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
if(!require(“生物管理器”,悄悄=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“RegEnrich”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“RegEnrich”)
细节
生物视图 |
差异表达式,功能预测,基因表达式,GeneSet扩展,基因目标,网络,网络丰富,网络推理,RNA序列,软件,转录,转录组学,双通道 |
版本 |
1.14.0 |
在生物导体中 |
生物柴油3.12(R-4.0)(3.5年) |
许可证 |
GPL(>=2) |
取决于 |
R(>=4.0.0),S4载体,数字播放器,易怒的,生物集,总结性实验 |
进口 |
随机森林,fgsea公司,剂量,生物并行,DESeq2公司,利马,WGCNA公司,ggplot2(>=2.2.0),方法,重塑2,马格里特,生物风格 |
系统要求 |
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统一资源定位地址 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。