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RegEnrich公司

基因调节剂富集分析


生物导体版本:释放(3.19)

该软件包是一个管道,用于识别生物过程中的关键基因调节器,例如在细胞分化和刺激后的细胞发育中。这条管道有四个主要步骤:(1)差异表达分析;(2) 调节器目标网络推理;(3) 富集分析;以及(4)监管机构评分和排名。

作者:Tao Weiyang[cre,aut],Aridaman Pandit[aut]

维护人员:陶卫阳(Weiyang Tao)<gmail.comweiyangtao1513

引文(从R中输入引文(“RegEnrich”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

if(!require(“生物管理器”,悄悄=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“RegEnrich”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“RegEnrich”)
用RegEnrich富集基因调节器 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 差异表达式,功能预测,基因表达式,GeneSet扩展,基因目标,网络,网络丰富,网络推理,RNA序列,软件,转录,转录组学,双通道
版本 1.14.0
在生物导体中 生物柴油3.12(R-4.0)(3.5年)
许可证 GPL(>=2)
取决于 R(>=4.0.0),S4载体,数字播放器,易怒的,生物集,总结性实验
进口 随机森林,fgsea公司,剂量,生物并行,DESeq2公司,利马,WGCNA公司,ggplot2(>=2.2.0),方法,重塑2,马格里特,生物风格
系统要求
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 RegEnrich_1.14.0.tar.gz公司
Windows二进制 RegEnrich_1.14.0.zip公司
macOS二进制(x86_64) RegEnrich_1.14.0.tgz公司
macOS二进制(arm64) RegEnrich_1.14.0.tgz公司
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RegEnrich网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/RegEnrich
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/RegEnrich网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/RegEnrich网站/
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