RTCGA工具箱
用于导出TCGA Firehose数据的新工具
生物导体版本：释放（3.19）
管理来自大规模项目（如癌症基因组图谱（TCGA））的数据以进行进一步分析是研究项目的一个重要且耗时的步骤。Firehose项目等多项努力使TCGA预处理数据通过web服务和数据门户公开可用，但它需要管理、下载和准备以下步骤的数据。我们为Firehose预处理的数据开发了一个开源和可扩展的基于R的数据客户端，并通过示例案例研究演示了它的使用。结果表明，RTCGAT工具箱可以改进对TCGA数据感兴趣的研究人员的数据管理。此外，它还可以与其他分析管道集成，用于后续数据分析。
作者：穆罕默德·萨穆尔[aut]，马塞尔·拉莫斯[aut，cre]
路德维希·盖斯林格
维护人员：马塞尔·拉莫斯<Marcel.Ramos at roswellpark.org>
引文（从R中输入引文（“RTCGAT工具箱”）):
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“RTCGAT工具箱”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览Vignets（“RTCGAToolbox”）
细节
| 生物视图 |
差异表达式,基因表达式,排序,软件 |
| 版本 |
2.34.0 |
| 在生物导体中 |
生物技术3.2（R-3.2）（8.5年） |
| 许可证 |
GPL-2型 |
| 取决于 |
R（>=4.3.0） |
| 进口 |
生物遗传学,数据表,DelayedArray（延迟阵列）,基因组范围,基因组信息Db,高温气冷堆、方法、，Ragged实验,RCurl（RCurl）,RJSONIO公司,服务器,S4载体（>=0.23.10），统计，字符串,总结性实验,TCGAutils公司（>=1.9.4），实用程序 |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
http://mksamur.github.io/RTCGA工具箱/ |
| 错误报告 |
https://github.com/mksamur/RTCGAToolbox/issues |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
