罗塞克

scRNA-Seq数据抗噪差异表达分析的表达秩建模


生物导体版本:释放(3.19)

ROSeq-一种基于秩的方法,使用过滤和归一化读取计数矩阵来建模基因表达。ROSeq以过滤和归一化读取矩阵和细胞注释/条件作为输入,并确定对比组单个细胞之间差异表达的基因。输入参数之一是要使用的芯数。

作者:Krishan Gupta[aut,cre],Manan Lalit[aut],Aditya Biswas[aut],Abhik Ghosh[aut',Debarka Sengupta[aut]

维护人员:克莉珊·古普塔(Krishan Gupta)

引文(从R中输入引文(“ROSeq”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“ROSeq”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“ROSeq”)
罗塞克 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本
许可证 文本

细节

生物视图 差异表达式,基因表达式,单个单元格,软件
版本 1.16.0
在生物导体中 生物柴油3.11(R-4.0)(4.5年)
许可证 GPL-3公司
取决于 R(>=4.0)
进口 pbmcapply公司,边缘R,利马
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/krishan57gupta/ROSeq
错误报告 https://github.com/krishan57gupta/ROSeq/issues网站
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 罗塞克_1.16.0.tar.gz
Windows二进制 ROSeq_1.16.0.zip系列(仅64位)
macOS二进制(x86_64) 罗塞克_1.16.0.tgz
macOS二进制(arm64) 罗塞克_1.16.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ROSeq网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包装/ROSeq
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/ROSeq网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/ROSeq网站/
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