R453Plus 1工具箱
用于从罗氏基因组测序器系统导入和分析数据的软件包
生物导体版本:释放(3.19)
R453Plus1工具箱包含用于分析罗氏454测序平台生成的数据的有用功能。它增加了质量保证功能以及检测到的变体的注释和可视化功能,补充了罗氏公司随产品提供的软件工具。此外,还提供了用于检测结构变体的管道。
作者:Hans-Ulrich Klein、Christoph Bartenhagen、Christian Ruckert
维护人员:汉斯·克莱恩(Hans-Ulrich Klein)
引文(从R中输入引文(“R453Plus工具箱”)
):
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
if(!require(“生物管理器”,悄悄=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“R453Plus1工具箱”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览渐晕图(“R453Plus1工具箱”)
细节
生物视图 |
数据导入,数据表示,基础设施,质量控制,报告写作,排序,软件,可视化 |
版本 |
1.54.0 |
在生物导体中 |
生物碳2.7(R-2.12)(14年) |
许可证 |
LGPL-3型 |
取决于 |
R(>=2.12.0),方法,变量注释(>= 1.25.11),生物串(>= 2.47.6),pwalling(pwallign),博科生物 |
进口 |
utils、grDevices、图形、统计、工具,可发送的,R2HTML,教学演示,生物遗传学,S4载体(>= 0.17.25),I范围(>= 2.13.12),十六矢量,基因组范围(>= 1.31.8),总结性实验,生物反应器,牛基因组(>= 1.47.3),Rsamtools软件,短读(>= 1.37.1) |
系统要求 |
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统一资源定位地址 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。