Pigengene公司
从基因表达数据推断生物特征
生物导体版本：释放（3.19）
Pigengene软件包提供了一种从基因表达谱推断生物特征的有效方法。签名独立于基础平台，例如，输入可以是微阵列或RNA序列数据。它甚至可以使用来自一个平台的数据推断签名，并在另一个平台上对其进行评估。Pigengene使用共表达网络分析来识别高度共表达基因的模块（簇），总结本征基因中每个模块的生物信息，学习贝叶斯网络来建模模块之间的概率依赖性，并基于本征基因的表达构建决策树。
作者：哈比尔·扎尔（Habil Zare）、阿米尔·福鲁沙尼（Amir Foroushani）、鲁普什·阿格拉哈里（Rupesh Agrahari）、梅根·肖特（Meghan Short）、伊莎·梅塔（Isha Mehta）、内达·埃马米（Neda Emami）和索甘德·萨杰迪
维护人员：哈比尔·扎尔（Habil Zare）<Zare at u.washington.edu>
引文（从R中输入引文（“Pigengene”）):
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“Pigengene”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览幻影（“Pigengene”）
细节
| 生物视图 |
生物医学信息学,分类,群集,决策树,尺寸缩减,基因表达式,图形和网络,免疫肿瘤学,微阵列,网络,网络推理,规范化,主要组件,RNA序列,软件,系统生物学,转录组学 |
| 版本 |
1.30.0 |
| 在生物导体中 |
生物柴油3.4（R-3.3）（7.5年） |
| 许可证 |
GPL（>=2） |
| 取决于 |
R（>=4.0.3），图表,仿生风格(>= 2.28.0) |
| 进口 |
bn学习(>= 4.7),C50元(>= 0.1.2),MASS（质量）,矩阵统计,聚会,Rgraphviz公司,WGCNA公司,政府.db,插补,预处理核心、grDevices、graphics、stats、utils、parallel、，情势图(>= 1.0.8),数字播放器,格达塔,clusterProfiler（群集探查器）,反应omePA,ggplot2,开放式xlsx,数据库接口,剂量 |
| 系统要求 |
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| 统一资源定位地址 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
