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PWMEnrich公司

PWM富集分析


生物导体版本:释放(3.19)

基于生物字符串的DNA模体扫描和富集分析的高级功能工具包。主要功能是对已知PWM进行PWM富集分析(例如,从MotifDb等数据库),但该软件包还实现PWM扫描和可视化的高级功能。该软件包不执行“从头开始”的模体发现,而是专注于使用由其他工具实验推导或计算构建的模体。

作者:罗伯特·斯托尼奇(Robert Stojnic)、迭戈·迪兹(Diego Diez)

维护人员:迭戈·迪兹<diego10ruiz在gmail.com>

引文(从R中输入引文(“PWMEnrich”))以下为:

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

if(!require(“生物管理器”,悄悄=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“PWMEnrich”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览渐晕图(“PWMEnrich”)
“PWMEnrich”软件包概述 PDF格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 Motif注释,序列匹配,软件
版本 4.40.0
在生物导体中 生物技术2.11(R-2.15)(11.5年)
许可证 LGPL(>=2)
取决于 R(>=3.5.0),方法,生物遗传学,生物串
进口 网格,seq徽标,格达塔,电动汽车驱动装置,S4载体
系统要求
统一资源定位地址
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 PWMEnrich_4.40.0.tar.gz公司
Windows二进制 PWMEnrich_4.40.0.zip公司(仅64位)
macOS二进制(x86_64) PWMEnrich_4.40.0.tgz
macOS二进制(arm64) PWMEnrich_4.40.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PWMEnrich
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:软件包/PWMEnrich
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/PWMEnrich/
包短Url https://bioconductor.org/packages/PWMEnrich网站/
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