OutSplice接口
肿瘤与正常标本拼接事件的比较
生物导体版本：释放（3.19）
一个易于使用的工具，可以使用用户生成的矩阵或癌症基因组图谱（TCGA）的数据来比较肿瘤和正常组织样本中的剪接事件。该软件包生成了一个剪接异常值矩阵，与染色体位置表示的正常值相比，这些异常值在肿瘤样本中显著过表达或欠表达。该软件包还将计算每个肿瘤中的剪接负担，并描述发生的剪接事件的类型。
作者：约瑟夫·本迪克
，桑迪亚·卡拉瓦切拉[aut]，迈克尔·康斯丁[aut]，巴赫曼·阿夫萨里[aut]，Michael F.Ochs[aut]，Joseph Califano[aut'，Daria A.Gaykalova[aut]，Elana Fertig[aut]，特蕾莎·郭[cre，aut]
维护人员：Theresa Guo在health.ucsd.edu>
引文（从R中输入引文（“OutSplice”）):
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“OutSplice”）
对于旧版本的R，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览渐晕图（“OutSplice”）
细节
| 生物视图 |
交替拼接,差异表达式,差分拼接,基因表达式,RNA序列,软件,变量注释 |
| 版本 |
1.4.0 |
| 在生物导体中 |
生物柴油3.17（R-4.3）（1年） |
| 许可证 |
GPL-2型 |
| 取决于 |
R（>=4.3） |
| 进口 |
注释Dbi(>= 1.60.0),基因组范围(>= 1.49.0),基因组特征(>= 1.50.2),I范围(>= 2.32.0),组织健康状况数据库(>= 3.16.0),TxDb（发送日期）。Hsapiens。UCSC.hg19.known基因(>= 3.2.2),TxDb（发送日期）。Hsapiens。UCSC.hg38.known基因(>= 3.16.0),S4载体(>= 0.36.0) |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/GuoLabUCSD/OutSplice网站 |
| 错误报告 |
https://github.com/GuoLabUCSD/OutSplice/issues |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
