NewWave公司
scRNA-seq的负二项模型
生物导体版本:释放(3.19)
为scRNA-seq数据的降维和批量效应消除设计的模型。它被设计为可以使用共享对象进行大规模并行化,以防止内存重复,并且可以与不同的微型备份方法一起使用,以减少时间消耗。它假设数据的负二项分布具有分散参数,该参数在基因和基因中都是常见的。
作者:Federico Agostinis[aut,cre],Chiara Romualdi[aut],Gabriele Sales[aut],Davide Risso[aut
维护人员:费德里科·阿戈斯蒂尼斯(Federico Agostinis)<Federico.Agostinis at outlook.com>
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“NewWave”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
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浏览幻影(“NewWave”)
细节
生物视图 |
BatchEffect(批次效果),新闻报道,基因表达式,回归,排序,单个单元格,软件,转录组学 |
版本 |
1.14.0 |
在生物导体中 |
生物柴油3.12(R-4.0)(4年) |
许可证 |
GPL-3公司 |
取决于 |
R(>=4.0),总结性实验 |
进口 |
方法,单细胞实验,平行,厄尔巴,矩阵,DelayedArray(延迟阵列),BiocSingular公司,共享对象,统计信息 |
系统要求 |
|
统一资源定位地址 |
|
错误报告 |
https://github.com/fedeago/NewWave/issues |
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程序包档案
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