Modstrings模式

使用修改的核苷酸序列

生物导体版本：释放（3.19）

在核苷酸序列中表示核苷酸修改通常是通过许多来源的特殊字符来完成的。这对R和Biostrings软件包中的工作提出了挑战。Modstrings软件包通过在内部翻译字符来实现包含修饰核苷酸的RNA和DNA序列的功能，以便与Biostrings软件包的基础设施协同工作。为此，实现了ModRNAString和ModDNAString类、派生类和函数，以构建和修改这些对象，尽管存在编码问题。此外，还实现了从序列到类似列表的位置信息的转换（以及反向操作）。

作者：费利克斯·G·M·恩斯特[aut，cre]，Denis L.J.拉方丹[ctb，fnd]

维护人员：Felix G.M.Ernst<Felix.gm.Ernst at outlook.com>

引文（从R中输入引文（“Modstrings”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“Modstrings”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览渐晕图（“Modstrings”）

Modstrings模式	HTML格式	R脚本
Modstrings-DNA-字母表	HTML格式	R脚本
Modstrings RNA字母表	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	数据导入,数据表示,基础设施,排序,软件
版本	1.20.0
在生物导体中	生物技术3.9（R-3.6）（5.5年）
许可证	艺术-2.0
取决于	R（>=3.6），生物串(>= 2.51.5)
进口	方法，生物遗传学,基因组范围,S4载体,I范围,十六矢量,斯特林吉,字符串,蜡笔，gr设备
系统要求
统一资源定位地址
错误报告	https://github.com/FelixErnst/Modstrings/issues网站

建议	仿生风格,针织物,rmarkdown公司,测试那个,用这个
链接到
增强功能
取决于我	EpiTxDb公司,RNAmodR（无线电导航修改器）,tRNAdb导入
导入我	tRNA
建议我	EpiTxDb。Hs.hg38型,EpiTxDb。Sc.sacCer3证书
链接到我
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	模式字符串_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	Modstrings_1.20.0.zip型
macOS二进制（x86_64）	Modstrings_1.20.0.tgz型
macOS二进制（arm64）	Modstrings_1.20.0.tgz型
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Modstrings网站
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/Modstrings
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/Modstrings网站/
包短Url	https://bioductor.org/packages/Modstrings/
软件包下载报告	下载统计信息