MMAPPR2（MMAPPR2）
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混合RNA-Seq的突变图谱分析管道
生物导体版本：释放（3.19）
MMAPPR2绘制了前向遗传筛选F2杂交的RNA-seq数据集合产生的突变。其前身在《基因组研究》（Hill等人，2013）发表的一篇论文中进行了描述。MMAPPR2接受对齐的BAM文件和参考基因组作为输入，识别控制和突变RNA序列之间高序列差异的位点，使用Ensembl的变量效应预测器预测变量效应，并输出候选突变的排名列表。
作者：凯尔·约翰森[aut]、纳撒尼尔·詹金斯[aut]]、乔纳森·希尔[cre]
维护人员：乔纳森·希尔（Jonathon Hill）
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“MMAPPR2”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
细节
| 生物视图 |
DNASeq公司,池式屏幕,RNA序列,软件,变量检测 |
| 版本 |
1.18.0 |
| 在生物导体中 |
生物技术3.10（R-3.6）（4.5年） |
| 许可证 |
GPL-3型 |
| 取决于 |
R（>=3.6.0） |
| 进口 |
信号群VEP(>= 1.20.0),gmapR（gmapR）,Rsamtools软件,变量注释,生物并行,博科生物,生物遗传学,数字播放器,基因组信息Db,基因组范围,I范围,S4载体,第三年,变体工具,马格里特、方法、grDevices、图形、stats、utils，字符串,数据表 |
| 系统要求 |
集成VEP、Samtools |
| 统一资源定位地址 |
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3613585/ https://github.com/kjohnsen/MMAPPR2 |
| 错误报告 |
https://github.com/kjohnsen/MMAPPR2/issues网站 |
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程序包档案
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