HiLDA公司

利用层次潜在Dirichlet分配对突变签名的突变暴露进行比较的统计推断


生物导体版本:释放(3.19)

在应用分层潜在Dirichlet分配的Bayesian框架下构建的包。它从统计学上测试了两组之间突变特征(Shiraishi-model特征)的突变暴露是否不同。该包还提供推断和可视化。

作者:Zhi Yang[aut,cre]、Yuichi Shiraishi[ctb]

维护人员:Zhi Yang<gmail.com上的zyang895>

引文(从R中输入引文(“HiLDA”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

if(!require(“生物管理器”,悄悄=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“HiLDA”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“HiLDA”)
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安装 文本

细节

生物视图 贝叶斯,排序,软件,体细胞突变,统计方法
版本 1.18.0
在生物导体中 生物C 3.10(R-3.6)(5年)
许可证 GPL-3公司
取决于 R(>=4.1),ggplot2
进口 R2jags汽车,阿宾德,奶牛场,网格,对于猫,字符串,基因组范围,S4载体,十六矢量,生物串,基因组特征,英国基因组。Hsapiens。加州大学圣保罗分校hg19,生物遗传学,第三年,gr设备,统计,发送数据库。Hsapiens。UCSC.hg19.known基因,实用程序,方法,卢比
系统要求 挡块4.0.0
统一资源定位地址 https://github.com/USBiostats/HiLDA https://doi.org/10.1010/577452
Bug报告 https://github.com/USBiostats/HiLDA/issues网站
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 HiLDA_1.18.0.tar.gz公司
Windows二进制 HiLDA_1.18.0.zip
macOS二进制(x86_64) HiLDA_1.18.0.tgz公司
macOS二进制(arm64) HiLDA_1.18.0.tgz公司
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HiLDA
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/HiLDA
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/HiLDA/
包短Url https://bioconductor.org/packages/HiLDA/
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