地理浏览器

GEOexplorer:用于基因表达分析和可视化的Web服务器


生物导体版本:释放(3.19)

GEOexplorer是一个web服务器和R/Bioconductor包以及web应用程序,使用户能够执行基因表达分析。GEOexplorer的开发之所以成为可能,是因为GEO2R提供了优秀的代码(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/GEO2R/)。

作者:盖·亨特,拉斐尔·汉金,阿尔弗雷多·亚科安格利[ctb,ths],法布里奇奥·斯梅拉尔迪[ctb,ths],迈克尔·巴恩斯

维护人员:盖伊·亨特<Guy.Hunt at kcl.ac.uk>

引文(从R中输入引文(“GEOexplorer”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“GEOexplorer”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“GEOexplorer”)
地理浏览器 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 差异表达式,基因表达式,微RNA阵列,微阵列,RNA序列,软件,转录组学,mRNA微阵列
版本 1.10.0
在生物导体中 生物柴油3.14(R-4.1)(3年)
许可证 GPL-3公司
取决于 闪亮的,利马,博科生物,巧妙地,丰富R,R(>=4.1.0)
进口 DT公司,XML格式,高温气冷堆,特别行政区,xfun游戏,边缘R,html工具,事实附加,热铺层,情势图,规模,闪亮的热图,闪亮的,ggplot2,字符串,乌玛,地理查询,插补,gr设备,统计,图形,降价,针织物,实用程序,xml语言2,R.utils公司,读xl,小贩,汽车
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/guypwhunt/GEOxplorer网站/
错误报告 https://github.com/guyphunt/GEOexplorer/issues(网址:https://github.com/guyphunt/GEOexplorer/issues)
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 GEOexplorer_1.10.0.tar.gz公司
Windows二进制 GEOexplorer_1.10.0.zip公司(仅64位)
macOS二进制(x86_64) GEOexplorer_1.10.0.tgz公司
macOS二进制(arm64) GEOexplorer_1.10.0.tgz公司
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GEOexplorer网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:软件包/GEOxplorer
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/GEOexplorer网址/
包短Url https://bioconductor.org/packages/GEOexplorer网站/
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