地理浏览器
GEOexplorer:用于基因表达分析和可视化的Web服务器
生物导体版本:释放(3.19)
GEOexplorer是一个web服务器和R/Bioconductor包以及web应用程序,使用户能够执行基因表达分析。GEOexplorer的开发之所以成为可能,是因为GEO2R提供了优秀的代码(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/GEO2R/)。
作者:盖·亨特,拉斐尔·汉金,阿尔弗雷多·亚科安格利[ctb,ths],法布里奇奥·斯梅拉尔迪[ctb,ths],迈克尔·巴恩斯
维护人员:盖伊·亨特<Guy.Hunt at kcl.ac.uk>
引文(从R中输入引文(“GEOexplorer”)
):
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“GEOexplorer”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“GEOexplorer”)
细节
生物视图 |
差异表达式,基因表达式,微RNA阵列,微阵列,RNA序列,软件,转录组学,mRNA微阵列 |
版本 |
1.10.0 |
在生物导体中 |
生物柴油3.14(R-4.1)(3年) |
许可证 |
GPL-3公司 |
取决于 |
闪亮的,利马,博科生物,巧妙地,丰富R,R(>=4.1.0) |
进口 |
DT公司,XML格式,高温气冷堆,特别行政区,xfun游戏,边缘R,html工具,事实附加,热铺层,情势图,规模,闪亮的热图,闪亮的,ggplot2,字符串,乌玛,地理查询,插补,gr设备,统计,图形,降价,针织物,实用程序,xml语言2,R.utils公司,读xl,小贩,汽车 |
系统要求 |
|
统一资源定位地址 |
https://github.com/guypwhunt/GEOxplorer网站/ |
错误报告 |
https://github.com/guyphunt/GEOexplorer/issues(网址:https://github.com/guyphunt/GEOexplorer/issues) |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。