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FlowSOM公司

使用自组织图可视化和解释细胞术数据


生物导体版本:释放(3.19)

FlowSOM通过使用自组织映射聚类和最小生成树为细胞数据提供可视化选项。

作者:Sofie Van Gassen[aut,cre],Artuur Couckuyt[aut],Katrien Quintelier[aut],Annelies Emmaniel[aut]Britt Callebaut[aut],Yvan Saeys[aut'

维护人员:索菲·范·加斯森(Sofie Van Gassen)

引文(从R中输入引文(“FlowSOM”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

if(!require(“生物管理器”,悄悄=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“FlowSOM”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览渐晕图(“FlowSOM”)
FlowSOM公司 PDF格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 基于细胞的分析,细胞生物学,群集,流式细胞术,软件,可视化
版本 2.12.0
在生物导体中 生物技术3.1(R-3.2)(9年)
许可证 GPL(>=2)
取决于 R(>=4.0),记录仪
进口 统计数据,实用程序,颜色渐变,ConsensusClusterPlus协议,数字播放器,flowCore(流动堆芯),gg力,gg新闻量表,ggplot2,ggpubr公司,gr设备,马格里特、方法、,爱尔兰航空公司,Rtsne公司,第三年,生物遗传学,XML格式
系统要求
统一资源定位地址 http://www.r-project.org http://dambi.ugent.be
查看更多
建议 生物风格,测试那个,CytoML细胞,流工作区,gg排斥,散射孔,苯丙胺,gg点密度
链接到
增强功能
取决于我
导入我 催化剂,差异(diffcyt)
建议我 HD细胞数据
指向我的链接
生成报告 生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 流量SOM_2.12.0.tar.gz
Windows二进制 FlowSOM_2.12.0.zip文件
macOS二进制(x86_64) 流量SOM_2.12.0.tgz
macOS二进制(arm64) 流量SOM_2.12.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/FlowSOM
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/FlowSOM
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/FlowSOM网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/FlowSOM网站/
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