DaMiRseq公司
RNA-seq数据的数据挖掘：归一化、特征选择和分类
生物导体版本：释放（3.19）
DaMiRseq软件包提供了一系列数据挖掘程序，用于识别转录生物标记，并将其用于二进制和多类分类。该软件包接受以原始计数表形式呈现的任何类型的数据，并允许包含实验设置中出现的连续变量和阶乘变量。一系列功能使用户能够通过过滤基因组特征和样本来清理数据，通过识别和消除不需要的变异源（即批次和混杂因素）来调整数据，并选择最佳预测因子进行建模。最后，应用“堆叠”集成学习技术构建鲁棒分类模型。每个步骤都包含一个检查点，用户可以利用该检查点通过查看诊断图来评估数据管理的效果，例如聚类和热图、RLE箱线图、MDS或相关图。
作者：Mattia Chiesa<Mattia.Chiesa at cardiologicomonzino.it>，Luca Piacentini<Luca.Piacentini at cardilogicomonzino.it>
维护人员：Mattia Chiesa<心脏科医生Mattia.Chiesa
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“DaMiRseq”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览幻影（“DaMiRseq”）
细节
| 生物视图 |
分类,免疫肿瘤学,RNA序列,排序,软件 |
| 版本 |
2.16.0 |
| 在生物导体中 |
生物碳3.5（R-3.4）（7.5年） |
| 许可证 |
GPL（>=2） |
| 取决于 |
R（>=3.5.0），总结性实验,ggplot2 |
| 进口 |
设计2,利马,EDASeq公司,R彩色啤酒,特别行政区,Hmisc公司,情势图,事实矿工,校正图,随机森林,e1071号,插入符号,MASS（质量）,杂交的,请更改选择,kknn公司,F选择器、方法、统计、实用程序、图形、grDevices、，重塑2,不合格品,臂,请,RSNNS公司,边缘R,普利尔 |
| 系统要求 |
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| 统一资源定位地址 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
