DIALINR（直径）
基于动态规划的MS2色谱图对齐
生物导体版本：释放（3.19）
为了从生物样品中获得无偏差的蛋白质组覆盖率，质谱仪以数据独立采集（DIA）模式运行。这些DIA运行的校准建立了完整数据矩阵中的一致性和更少的缺失值。该软件包使用基于仿射间隙惩罚的方法实现动态编程，用于分析物的成对校准。该工具实现了全局对齐（通过MS2特征）和局部对齐（使用MS2色谱图）的混合方法。
作者：舒巴姆·古普塔[aut，cre]
，汉内斯·罗斯特[aut]，贾斯汀·辛格[aut]
维护人员：舒巴姆·古普塔（Shubham Gupta）
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“DIAlignR”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览Vignets（“DIAlignR”）
细节
| 生物视图 |
对齐,质谱学,代谢组学,蛋白质组学,软件 |
| 版本 |
2.12.0 |
| 在生物导体中 |
生物柴油3.11（R-4.0）（4.5年） |
| 许可证 |
GPL-3公司 |
| 取决于 |
方法，统计，R（>=4.0） |
| 进口 |
动物园(>= 1.8-3),数据表,马格里特,数字播放器,第三年,爱尔兰航空公司,毫兹罗(>= 2.18),信号,位64,网状的,ggplot2,RSQ网站,数据库接口,猿,潘戈恩,普拉克马,RMS泵,卢比 |
| 系统要求 |
C++14语言 |
| 统一资源定位地址 |
|
| 错误报告 |
https://github.com/shubham1637/DIAlignR/issues |
查看更多
| 建议 |
针织物,秋葵,晶格,规模,额外网格,额外晶格,rmarkdown公司,仿生风格,生物并行,测试那个(>= 2.1.0) |
| 链接到 |
卢比,RcppEigen基因 |
| 增强功能 |
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| 取决于我 |
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| 导入我 |
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| 建议我 |
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| 指向我的链接 |
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| 生成报告 |
生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
