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DEWSeq公司

基于负二项分布的差分表示窗口


生物导体版本:释放(3.19)

DEWSeq是一种滑动窗口方法,用于分析差异富集结合区eCLIP或iCLIP下一代测序数据。

作者:Sudeep Sahadevan[aut],Thomas Schwarzl[aut].生物信息学团队Hentze[aut,cre]

维护人员:生物信息学团队Hentze

引文(从R中输入引文(“DEWSeq”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

if(!require(“生物管理器”,悄悄=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“DEWSeq”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览Vignette(“DEWSeq”)
使用DEWSeq分析eCLIP/iCLIP数据 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 差异表达式,功能基因组学,基因调控,排序,软件
版本 1.18.0
在生物导体中 生物技术3.10(R-3.6)(4.5年)
许可证 LGPL(>=3)
取决于 R(>=4.0.0),R.utils公司,DESeq2公司,生物并行
进口 生物遗传学,数据表(>= 1.11.8),基因组信息Db,基因组范围、方法、,S4载体,总结性实验,统计,实用程序
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/EMBL-Hentze-group/DEWSeq/
错误报告 https://github.com/EMBL-Hentze-group/DEWSeq/issues
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 DEWSeq_1.18.0.tar.gz公司
Windows二进制 DEWSeq_1.18.0.zip公司
macOS二进制(x86_64) DEWSeq_1.18.0.tgz公司
macOS二进制(arm64) DEWSeq_1.18.0.tgz公司
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DEWSeq网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/DEWSeq
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/DEWSeq网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/DEWSeq网站/
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